La fiscalía de Turnhout (norte de Bélgica) habría revelado que Boonen dio positivo por narcóticos, y también por sustancias psicotrópicas, que estan presentes en varias medicinas y drogas, entre otras en el MDMA ("éxtasis").

El pasado mes de junio se conoció que Boonen fue sorprendido el 26 de mayo, durante un control antidopaje fuera de la competición, en el que se encontró un metabolito de cocaína en la orina del ciclista.

Un análisis de varios cabellos del ciclista, en el marco de una investigación judicial, confirmó en noviembre que Boonen era un usuario regular de cocaína en ese período y una investigación demostró además el uso de "éxtasis", según los diarios.

El 6 de enero se decidirá si Boonen tendrá que aparecer ante un tribunal correccional.