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La última vez que los boquenses quedaron eliminados en la penúltima etapa de la competición fue en 1991 ante el Colo Colo chileno, equipo dirigido por el yugoslavo Mirko Jozic, que perdió por 1-0 en "La Bombonera" y obtuvo la victoria en el Monumental de Santiago por 3-1.
La formación santiaguina en la que destacaban Patricio Yáñez, Jaime Pizarro, Gabriel Mendoza y Javier Margas, entre otros, se proclamó campeona en la final disputada ante el Olimpia paraguayo.
Boca Juniors superó posteriormente en las semifinales del torneo continental al América de México en 2000, al Palmeiras de Brasil en 2001, al América de Cali colombiano en 2003, al River Plate argentino en 2004 y al Cúcuta Deportivo colombiano en 2007.
De las cinco finales que jugaron durante ese período los boquenses ganaron cuatro. Sólo cayeron derrotados frente al Once Caldas de Colombia en 2004.
Boca Juniors ha ganado las doce últimas eliminatorias contra equipos de Brasil en la Libertadores, la más reciente en los octavos de final de la actual edición frente al Cruzeiro.