Vargas fue amonestado antes de los 20 minutos del primer tiempo por una fuerte infracción sobre un rival y fue otra vez con la pierna fuerte a los 65, por lo que el árbitro danés Claus Larsen le sacó la roja.
Su expulsión complicó el trámite para los "xeneizes", quienes sufrieron varios sofocones sobre el final, pero sostuvieron la victoria.
No es la primera vez que el mediocampista de 27 años se pierde un juego final por su excesivo impulso en la marca: en 2004 fue expulsado en la dramática semifinal que Boca le ganó por penales a River Plate por la Copa Libertadores y quedó fuera de la definición ante el Once Caldas de su país.
Antes de viajar a Japón, Vargas vio la roja ante Lanús por la última fecha del campeonato argentino y también registra salidas antes de tiempo con el seleccionado de su país, como en un partido por las eliminatorias sudamericanas para el mundial de 2006 ante Argentina.
El futbolista se retiró del estadio Nacional de Tokio sin formular declaraciones y luego se mantuvo al margen de sus compañeros en el autobús que trasladó a la delegación boquense de regreso al hotel.
Jugadores y el técnico Miguel Angel Russo no le recriminaron en público, pero reconocieron que su expulsión comprometió el triunfo.
"El fútbol es un juego de fricción. No fueron infracciones violentas. Fue un partido limpio", dijo Russo en tono diplomático.
Vargas se había ganado un lugar entre los titulares recién en la antesala del mundial. A mediados de año regresó al club argentino tras terminar el préstamo que lo ligaba al Internacional de Porto Alegre.
Prácticamente no era tenido en cuenta por Russo, pero en la recta final de la liga argentina empezó a sumar minutos con un rendimiento aceptable y el miércoles salió en el once inicial ante Etoile.
"En el fútbol cuando te llega la oportunidad hay que estar preparado emocional y físicamente para lo que venga", había dicho en la víspera de la semifinal.
Con su salida, los beneficiados son Pablo Ledesma y el uruguayo Álvaro González, las dos variantes con las que cuenta Russo pensando en la final del domingo.