El ganador de este torneo conquistará un cupo a la Copa Suramericana de 2009.

En la primera fase los equipos estarán divididos en seis grupos regionales y jugarán todos contra todos en partidos de ida y vuelta. Los dos mejores pasarán a la segunda ronda, que será por eliminación directa, al igual que los cuartos de final. A las semifinales llegarán los ganadores de la ronda anterior y el mejor de los tres perdedores.

"Es un buen experimento y vamos a ver cómo funciona", dijo al respecto el técnico de Millonarios, Mario Vanemerak, quien anunció que afrontará el primer partido de su equipo, ante Academia F. C., con una plantilla juvenil. Fernando "Pecoso" Castro, por su parte, señaló que aprovechará el campeonato para utilizar a hombres como Óscar Rueda, Maximiliano Flotta y Joe Luis Ragua, quienes prácticamente no han jugado este año con Santa Fe en la Copa Mustang. El conjunto cardenal, además, cobrará la boletería a mitad de precio para la Copa Colombia.

En el torneo los equipos deberán utilizar a los mismos jugadores que tienen inscritos en la División Mayor del Fútbol Colombiano, Dimayor, y en caso de ser suspendidos en alguno de los dos torneos, la sanción se aplicará en ambos.
"La Copa Colombia, patrocinada por Postobón, servirá además para promocionar a nuevas plazas como Cereté, Montelíbano, Barrancabermeja, Floridablanca, Rionegro y Girardot, a donde irán equipos de la A", explica Ramón Jessurún, representante del fútbol profesional.

Los grupos:

Grupo A: Barranquilla, Magdalena, Valledupar, Júnior, Córdoba y Cartagena.

Grupo B: Nacional, Pereira, Rionegro, Envigado, Bajo Cauca y Medellín.

Grupo C: Alianza Petrolera, Bucaramanga, Santander, Patriotas, Chicó y Cúcuta.

Grupo D: Academia, Millonarios, Santa Fe, La Equidad, Centauros y Bogotá.

Grupo E: Pasto, América, Cali, Depor F.C., Cortuluá y Quindío.

Grupo F: Girardot, Soacha, Caldas, Huila, Tolima y Expreso Rojo.