Sánchez Rubiano es investigado por la desaparición de 11 personas de la cafetería del Palacio de Justicia durante la retoma del M-19 en 1985, cuando él ejercía como jefe de inteligencia de la Brigada XIII, en Bogotá.

La Fiscalía General de la Nación había dictado medida de aseguramiento  en contra del coronelpor el delito de desaparición forzada agravada.

La decisión había sido adoptada por la Fiscalía al considerar la pena contemplada para ese delito. En el proceso habían más de 600 pruebas testimoniales y documentales, como el registro de libros de entrada de rehenes a la XIII Brigada del Ejército.

En la época de los hechos, Sánchez Rubiano era el comandante del B2, sección de inteligencia de esa Brigada acantonada en Bogotá. En el proceso han dado su testimonio el ex presidente Belisario Betancur Cuartas, el general ( r ) Rafael Samudio Molina, y el coronel ( r ) Alfonso Plazas Vega, entre otros.

La Fiscalía había encontrado evidencias de que Carlos Rodríguez Vera y María del Pilar Guarín, administrador y empleada de la cafetería, respectivamente, salieron con vida del Palacio de Justicia tras la toma.