Trabajar en una supracomputadora para descifrar el sida

El físico bogotano Juan R. Perilla hace parte de un grupo de científicos que investigan cómo funciona el mortal virus. Así transcurren sus días.

El físico bogotano Juan R. Perilla en las instalaciones del Blue Waters.
El físico bogotano Juan R. Perilla en las instalaciones del Blue Waters.

Blue Waters es el nombre del supercomputador que abrió una nueva era para la búsqueda de la cura del VIH. Utilizando esta supramáquina, un grupo de científicos de las universidades estadounidenses de Illinois y Pittsburgh, entre los que se cuenta el físico bogotano Juan R. Perilla, lograron descifrar el escudo químico con el que el VIH protege su material genético; consiguieron desentrañar cómo están organizados los 64 millones de átomos que conforman la caparazón del letal virus.

Desde Urbana-Champaign, en el sur de Chicago (EE.UU.), Perilla le contó a El Espectador cómo llegó a trabajar en uno de los pocos petacomputadores que existen en el planeta, que tiene el poder de 150.000 portátiles, que es custodiado con armamento; que tiene un diseño antibombas, antitornados y antiterremotos; y cuya fabricación superó los US$200 millones.

“Blue Waters es un edificio completo, de cuatro pisos, con muchos ventanales enormes. Tiene un sistema de refrigeración y una subestación propia que genera 14 megavatios de electricidad; la cuenta de la energía creo que ronda los US$10 millones. Tiene una sola entrada y una cerca alrededor.

A la entrada del primer piso hay un lobby bonito. Luego viene una puerta de seguridad, con detectores biométricos de retina, por donde sólo puede entrar una persona a la vez. Sólo tienen acceso a este edificio quienes trabajan en el mantenimiento de la máquina; los que vigilan que la temperatura del edificio sea la correcta, que la electricidad esté regulada... El resto de los usuarios somos remotos.

En ese primer piso están las subestaciones; toda la parte eléctrica, los transformadores. Y también hay tuberías grandísimas con el sistema de enfriamiento, que mueven agua todo el día para mantener refrigerada la computadora. En el segundo nivel están los servidores, pero no hay ni una sola pantalla; Blue Waters no tiene pantallas. Este piso es una especie de biblioteca, del tamaño de una cancha de fútbol, llena de ordenadores. El sistema de almacenamiento lo controla un brazo robótico. La máquina nunca se detiene: trabaja 24 horas, los siete días”.

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Juan Perilla comenzó a pensarse como físico a los 10 años. O quizá más tarde. No tiene claridad del momento, pero sí de las razones: es el hijo de dos ingenieros químicos de la Universidad Nacional que acumulaban filas de libros de ciencia en la sala de la casa; el niño creció leyendo esas publicaciones y empezó a soñar con la idea de ser un científico que pudiera crear, descubrir.

“Me decidí por la física porque me parece la ciencia más apasionante. Entré a la Universidad Nacional, decidí que quería enfocarme en la física computacional y me dediqué a hacer simulaciones toda la carrera. La herramienta del físico por muchos años fue la matemática, el lápiz y el papel, pero ese paradigma se rompió porque los problemas se hicieron más complejos y ya no bastaba con un lápiz y un papel. Luego fui a hacer mi doctorado en biofísica a la Universidad Johns Hopkins. Es una escuela bastante prestigiosa. En el mismo edificio en el que yo trabajaba estaban Peter Agre, premio Nobel de Química (2003), y Carol Greider, Nobel de Medicina (2009), quien fue mi profesora.

Hace dos años, Klaus Schulten (investigador de gran reconocimiento en el campo de la biología computacional y profesor de la Universidad de Illinois) me invitó a trabajar con él en un grupo que tiene todo lo que me gusta: biología, física y computación. Gracias a él he estado cerca del Blue Waters desde el principio, desde las fases de prueba (fue inaugurado en marzo 28).

Tengo acceso a la máquina desde mi laboratorio computacional. Trabajo con tres pantallas: una de 32 pulgadas, otra en tercera dimensión y una más de 27 pulgadas; y además tengo tres tarjetas de video porque trabajamos con gráficos muy poderosos. Mi máquina podría ser la más potente para videojuegos... pero no me gustan. Desde una de esas tres pantallas visualizo el Blue Waters.

Antes de encontrar la estructura del cápside (el anillo de proteínas que envuelve y protege el material genético del VIH) pasaba día y noche frente al computador. Lo que hacemos allí es mirar átomos y moléculas en las pantallas y usar representaciones para ver diferentes perspectivas de los datos; tratar de encontrar qué es importante, qué es fundamental para alguna estructura.

La misión era encontrar una estructura completa del cápside. Uno tiene algunas partes, pero hay otras que faltan y el objetivo es ponerlas juntas. Es como armar un rompecabezas con 64 millones de piezas. Este hallazgo abre una puerta muy grande al desarrollo científico. Queremos que otros usen nuestra cápside, así como nosotros lo estamos haciendo, para desarrollar nuevos tratamientos. Es lindo cuando el trabajo que uno hace deja de ser abstracto y toca la vida de las personas”.

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