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Vivir 2 Jun 2013 - 9:00 pm

Trabajar en una supracomputadora para descifrar el sida

El físico bogotano Juan R. Perilla hace parte de un grupo de científicos que investigan cómo funciona el mortal virus. Así transcurren sus días.

Por: Redacción Vivir
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    http://www.elespectador.com/noticias/actualidad/vivir/trabajar-una-supracomputadora-descifrar-el-sida-articulo-425630
    http://tinyurl.com/lx6mcnc
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El físico bogotano Juan R. Perilla en las instalaciones del Blue Waters.

Blue Waters es el nombre del supercomputador que abrió una nueva era para la búsqueda de la cura del VIH. Utilizando esta supramáquina, un grupo de científicos de las universidades estadounidenses de Illinois y Pittsburgh, entre los que se cuenta el físico bogotano Juan R. Perilla, lograron descifrar el escudo químico con el que el VIH protege su material genético; consiguieron desentrañar cómo están organizados los 64 millones de átomos que conforman la caparazón del letal virus.

Desde Urbana-Champaign, en el sur de Chicago (EE.UU.), Perilla le contó a El Espectador cómo llegó a trabajar en uno de los pocos petacomputadores que existen en el planeta, que tiene el poder de 150.000 portátiles, que es custodiado con armamento; que tiene un diseño antibombas, antitornados y antiterremotos; y cuya fabricación superó los US$200 millones.

“Blue Waters es un edificio completo, de cuatro pisos, con muchos ventanales enormes. Tiene un sistema de refrigeración y una subestación propia que genera 14 megavatios de electricidad; la cuenta de la energía creo que ronda los US$10 millones. Tiene una sola entrada y una cerca alrededor.

A la entrada del primer piso hay un lobby bonito. Luego viene una puerta de seguridad, con detectores biométricos de retina, por donde sólo puede entrar una persona a la vez. Sólo tienen acceso a este edificio quienes trabajan en el mantenimiento de la máquina; los que vigilan que la temperatura del edificio sea la correcta, que la electricidad esté regulada... El resto de los usuarios somos remotos.

En ese primer piso están las subestaciones; toda la parte eléctrica, los transformadores. Y también hay tuberías grandísimas con el sistema de enfriamiento, que mueven agua todo el día para mantener refrigerada la computadora. En el segundo nivel están los servidores, pero no hay ni una sola pantalla; Blue Waters no tiene pantallas. Este piso es una especie de biblioteca, del tamaño de una cancha de fútbol, llena de ordenadores. El sistema de almacenamiento lo controla un brazo robótico. La máquina nunca se detiene: trabaja 24 horas, los siete días”.

***

Juan Perilla comenzó a pensarse como físico a los 10 años. O quizá más tarde. No tiene claridad del momento, pero sí de las razones: es el hijo de dos ingenieros químicos de la Universidad Nacional que acumulaban filas de libros de ciencia en la sala de la casa; el niño creció leyendo esas publicaciones y empezó a soñar con la idea de ser un científico que pudiera crear, descubrir.

“Me decidí por la física porque me parece la ciencia más apasionante. Entré a la Universidad Nacional, decidí que quería enfocarme en la física computacional y me dediqué a hacer simulaciones toda la carrera. La herramienta del físico por muchos años fue la matemática, el lápiz y el papel, pero ese paradigma se rompió porque los problemas se hicieron más complejos y ya no bastaba con un lápiz y un papel. Luego fui a hacer mi doctorado en biofísica a la Universidad Johns Hopkins. Es una escuela bastante prestigiosa. En el mismo edificio en el que yo trabajaba estaban Peter Agre, premio Nobel de Química (2003), y Carol Greider, Nobel de Medicina (2009), quien fue mi profesora.

Hace dos años, Klaus Schulten (investigador de gran reconocimiento en el campo de la biología computacional y profesor de la Universidad de Illinois) me invitó a trabajar con él en un grupo que tiene todo lo que me gusta: biología, física y computación. Gracias a él he estado cerca del Blue Waters desde el principio, desde las fases de prueba (fue inaugurado en marzo 28).

Tengo acceso a la máquina desde mi laboratorio computacional. Trabajo con tres pantallas: una de 32 pulgadas, otra en tercera dimensión y una más de 27 pulgadas; y además tengo tres tarjetas de video porque trabajamos con gráficos muy poderosos. Mi máquina podría ser la más potente para videojuegos... pero no me gustan. Desde una de esas tres pantallas visualizo el Blue Waters.

Antes de encontrar la estructura del cápside (el anillo de proteínas que envuelve y protege el material genético del VIH) pasaba día y noche frente al computador. Lo que hacemos allí es mirar átomos y moléculas en las pantallas y usar representaciones para ver diferentes perspectivas de los datos; tratar de encontrar qué es importante, qué es fundamental para alguna estructura.

La misión era encontrar una estructura completa del cápside. Uno tiene algunas partes, pero hay otras que faltan y el objetivo es ponerlas juntas. Es como armar un rompecabezas con 64 millones de piezas. Este hallazgo abre una puerta muy grande al desarrollo científico. Queremos que otros usen nuestra cápside, así como nosotros lo estamos haciendo, para desarrollar nuevos tratamientos. Es lindo cuando el trabajo que uno hace deja de ser abstracto y toca la vida de las personas”.

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ragd

Lun, 06/03/2013 - 15:04
muchacho debo de corregirte..no solo los rolos, los vallecaucanos, los opitas, los santandereanos...los que se mantienen haciendose buen ambiente y prensa hasta por tirarse un pedo solo son unos de un acento aburridor. Bueno por este muchacho y que siga adelante y ojala le dieran mas reconocimiento y mayor publicacion de lo que hace y de lo que nos afecta positivamente en la vida diaria el trabajo de colombianos como estos y no a toda hora estarnos contando lo que hace diomedes, dangond, shakira, la toti, valderrama, vives, bacca, teofilo, etc, etc (hola ve, todos corronchos y nada que aportan al PIB)
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thenfuckyou

Lun, 06/03/2013 - 13:54
Lectores: Así somos los Rolos, calladitos sin un ápice de regionalismo barato y sin tanto escándalo ni vitrina ahí salimos a trabajar por el país, por su gente, por su legado. Bien por Perilla, haciendo patria en un país extranjero, con un dioma extranjero y codeándose con científicos brillantes. Al mejor estilo de LLinas, Garavito, los arquitectos Julian Restrepo, Pablo Forero, Juan Pablo MOntoya, Catalina Sandino, César Rincón, Fonseca, Andrea Echeverry, Sonia Osorio (q.e.p.d) etc,etc,etc.
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Carroro

Lun, 06/03/2013 - 12:46
Felicitaciones, felicitaciones y más felicitaciones
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JYEZIDD

Lun, 06/03/2013 - 11:51
No soy medico ni cientifico simplemente soy un ser humano que analizo los avances y la tecnologia en las investigaciones de algunas enfermedades y analizo que el sida a pesar de ser una enfrmedad que se trasmite bien sea sexualmente o por utilizar jeringas de manera promiscua ademas de transfuciones es una enfermedad que ya esta controlada, con medicamentos se logra darle un freno en su avance y que en un letargo en el que los pacientes si se cuidan y se toman las medicinas logran vivir largos años con el virus,mientras que el cancer siendo una enfermedad de la que se tiene conocimiento desde muchos años antes que el sida no tiene ningun remedio y que decir de la malaria que durante los siglos a diezmado a la humanidad.Es mas mortal el cancer que el sida.
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carloshur

Lun, 06/03/2013 - 10:51
Igualitico a un congresista no? Jajajajajaja.
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pacopensante

Lun, 06/03/2013 - 10:27
FELICITACIONES al esfuerzo. Creo que la mejor universidad de Colombia es la Nacional y sé de este tema. Las universidades privadas y casi todos los colegios privados ( religiosos y laicos) son un negocio que contamina la formación de las personas.
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chisciottino

Lun, 06/03/2013 - 15:05
se nota aqui que uno es de una universidad pùblica y el otro de una universidad privada.
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Crótatas

Lun, 06/03/2013 - 11:44
La universidad John Hopkins es privada. Lo chistoso es que venga a decir que "sabe del tema", cuando lo que deja ver su mensaje es que es un resentido ignorante más. Una cosa es defender la educación pública en Colombia, que es fundamental, y otra cosa es convertir esa causa en una excusa para ventilar su propio resentimiento, como si las universidades privadas tuvieran la culpa de sus propias limitaciones.
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pensadorlilbre

Lun, 06/03/2013 - 09:26
En primer lugar, quiero felicitar al compatriota por contribuir al conocimiento global, y de paso dejar en alto el nombre de Colombia. Pero además quiero añadir que las ciencias desafortunadamente no tienen en cuenta variables tan complejas de analizar como son por ejemplo el egoísmo humano. Lo digo porque si algún día, gracias a este trabajo, descubren la cura contra el SIDA, nada garantiza que la comercialicen tal cual. La realidad actual nos demuestra que lo más probable es que nos vendan una versión que no cure el SIDA, pero que obligue a los enfermos a comprar de por vida un medicamento que trata los síntomas, pero no proporciona una cura definitiva...
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ebgualdron

Lun, 06/03/2013 - 09:14
QUe bueno que un compatriota este trabajando en este tipo de proyectos, y mas aun que sea de la NACHO. Este es un buen ejemplo para unirnos tomos como Universidad Nacional, y demostrar que son mas las cosas buenas que las malas las que tenemos. Y como dicen otros comentaristas, las cosas malas que suceden en la Nacho, son por personas externas no pertenecientes a esa universidad. QUe viva la NACHO
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chisciottino

Lun, 06/03/2013 - 15:07
mejor se hubiera callado la jeta, quièn està diciendo que la Nacional tiene muchas cosas negativas, ademàs de ud.
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recapitulando

Lun, 06/03/2013 - 08:44
Bien agradable escuchar que alguien con tan gran potencial desarrollado y colombiano, triunfe y trabaje en la tecnologia de punta en el mundo. Amistosamente eso de la "nacho" no mas. La Universidad Nacional, esa costumbre en nuestro acomodarle modismos a todo, nos aleja mas de lo basico de un idioma claro y hasta buenas maneras. A muchos esto le parecera un chiste. Pero cuando se "formaliza" el proceso de aprendizaje desde el inicio, se ven resultados como los de este muchacho. Felicitaciones y exitos.
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recapitulando

Lun, 06/03/2013 - 08:45
Un gazapo...." esa costumbre en nuestri pais de acomodarle....". Gracias
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Esparta

Lun, 06/03/2013 - 07:57
El sistema de selección de aspirantes en la Universidad Nacional es altamente exigente; por lo tanto (en general) quienes logran ingresar son los bachilleres más brillantes del país. Eso podría explicar el alto nivel de sus egresados. Felicitaciones a esta universidad. En Colombia, con un sistema educativo entre pésimo y mediocre, la Nacional es lo más parecido a una verdadera universidad.
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jovensantandereano

Lun, 06/03/2013 - 06:10
cuales tirapiedras ???,, no venga aca a inventar,,, en la universidad nacional solo hay gente arrecha,, con ganas de salir adelante,, con muchas limitaciones economicas,, pero eso es lo que la hace grande a la mejor universidad del pais y de latinoamerica,,, eso de tirapiedras es un cuento chino desgastado que utilizan los enemigos de la universidad nacional...
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lucar

Lun, 06/03/2013 - 10:57
En la U del Estado se tiran muchas ideas, pero el Estado se las tira con ese microapoyo a la investigación, la ciencia y a la educación pública donde gravitan la mayoría de las mentes de Colombia.
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carloshur

Lun, 06/03/2013 - 10:51
Mucho lo retoche el pingo. jijijiji.
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infiernocol

Lun, 06/03/2013 - 00:43
ESTOS SON LOS ESTUDIANTES DE LA NACHO QUE VALEN LA PENA, LOS QUE ESTUDIAN Y TRABAJAN, NO LOS HPTAS TIRAPIEDRAS TERRORISTAS, FELICITACIONES POR ESTE EJEMPLO DE VIDA
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ratzingerxxi

Dom, 06/02/2013 - 22:11
Este muchacho es un gran físico, es un verdadero orgullo para la juventud, para Colombia y el mundo. Lastima que los científicos hechos en Colombia tengan que trabajar para otros estados. Cuando invertiremos en Ciencia? Cuando pensaremos en el futuro? Mientras, que siga la inversión extranjera haciéndonos "maravillas", como la panacea a nuestro subdesarrollo.
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