La captura se logró cuando Martínez iba llegando a la capital tolimense. El ex representante a la Cámara de Cambio Radical por el departamento del Tolima siempre rechazó los señalamientos lanzados en su contra y que lo vinculaban con reuniones con el bloque del Tolima con el fin de garantizar protección a los candidatos a las alcaldías por su movimiento político en Natagaima, Ataco, Rioblanco y Guamo.
Las paramilitares que lo acusaron fueron Juan David Betancourth, alias 'Walter', Ricaurte Soria, alias 'Orlando Carlos', Jhon Freddy Rubio, 'Mono Miguel' y José Bedoya, 'Moisés', internos en la cárcel de Picaleña, en el Tolima. Los miembros de las AUC aseguraron que las reuniones se llevaron a cabo en una finca llamada La Lorena, en la vereda Luisa García.
Las mismas revelaciones permitieron la captura por parte de la Fiscalía de los alcaldes de San Luis, Efraín Ricardo Acosta y de Suárez y Jorge Enrique Suárez. Emilio Martínez es natural de Espinal Tolima, fue presidente de la Cámara 1999 – 2000 y tras su salida del presidente enfrentó una investigación por actos de corrupción relacionados con contratos irregulares para la adquisición de muebles y enseres de la corporación. Por estos hechos tuvo la casa por cárcel.
En su momento fue el político más votado del Tolima y tras su privación de la libertad, con la consecuente pérdida de la investidura, su caudal político fue recaudado por Rosmery, su hermana menor, también de Cambio Radical.Pese a no ejercer como congresista su influencia en la política regional sigue siendo muy fuerte. Hace tres años sufrió un atentado frente a la casa de su madre en el Espina, que le causó heridas a varios de sus familiares. Como congresista fue ponente de la reforma política de Andrés Pastrana y las reformas penal y procesal.