El general en retiro está investigado a partir de las versiones que, con posterioridad y en el marco de la Ley de Justicia y Paz, rindieron los desmovilizados Hebert Veloza, Jorge Iván Laverde Zapata y Salvatore Mancuso, quienes señalaron como colaborador en sus actividades ilícitas, al Brigadier General (r) del Río.
El pasado 4 de septiembre, agentes del CTI capturaron al oficial, en el Club Militar al norte de Bogotá, para que rindiera indagatoria por su posible participación en hechos punibles en la llamada Operación Génesis (febrero de 1997), en la que fue asesinado Marino López Mena, un campesino de Bijao (Chocó).
La operación Génesis se inició el 24 de febrero de 1.997, a cargo de la Brigada 17 en contra del 57 Frente de las Farc. Durante cuatro días se combinaron ataques por aire y tierra contra ese comando de la guerrilla.
El ex oficial del Ejército asumió como Comandante de la XVII Brigada el 11 de diciembre de 1995, con sede en Carepa (Antioquia), con jurisdicción en los municipios de Mutatá, Chigorodó, Apartadó, Turbo, Necoclí, San Juan, Arboletes, San Pedro de Urabá, Unguía y Acandí.
Para la época en la zona fueron múltiples las acciones de los grupos armados al margen de la Ley, tales como desplazamiento forzado, secuestro, muerte a numerosos habitantes de San José de Apartadó, Dabeiba, Vigía del Fuerte, Pavarandó y otros poblados de la cuenca del río Cacarica, algunas en connivencia con miembros activos de la Fuerzas Militares.
La sindicación que surgió contra el entonces Comandante de la XVII Brigada del Ejército lo fue por la omisión al no combatir las acciones de los grupos armados al margen de la ley, y por acción, al facilitarles los medios para que actuaran libremente.
El General (r) Rito Alejo del Río Rojas está sindicado por concierto para delinquir, peculado sobre bienes de dotación y prevaricato por omisión.