De acuerdo con el ente acusador, Isaza habría sido el determinador del asesinato de un grupo familiar de siete personas que se encontraba cerca a Mariquita buscando a dos familiares desaparecidos. La familia fue interceptada por un grupo de paramilitares de las Autodefensas del Magdalena Medio y posteriormente todos fueron asesinados.
Esta investigación, además de los homicidios, incluye la desaparición de la pareja. Los hechos investigados ocurrieron el 16 de julio de 2001 en la vereda La Parroquia en la vía de Mariquita a Fresno (Tolima), donde hombres de las Auc asesinaron a José Orlando Ortíz Rodríguez, Isabel Guzmán Perdomo, Luz Mila Rincón Castaño, Otoniel Murillo González, Luciano Parra Parra, Hernando Parra Parra, y Ángel María Parra Parra.
Actualmente Ramón Isaza está cobijado por la Ley de Justicia y Paz, pues se desmovilizó dentro de la negociación de un proceso de paz con el Gobierno Nacional. Con esto, su condena no podrá superar los ocho años.