Ante un juez de garantías, la Fiscalía General le imputará el delito de de prevaricato por promover colisión de competencias al juez militar mayor en retiro Mauricio Cujar Gutiérrez quien en 2009 solicitó la competencia para juzgar al coronel en retiro Luis Alfonso Plazas Vega, pese a que el proceso ya se encontraba en la justicia ordinaria.
En esa oportunidad, el juez primero de Instancia de Divisiones del Ejército le envió una solicitud a la Juez Tercera Especializada de Bogotá, María Stella Jara, para que aceptara el traspaso del proceso de su despacho a la justicia penal militar.
El mayor Cujar manifestó que los hechos por los que era investigado el excomandante de la Escuela de Caballería “fueron originadas en una operación militar”, precisando que el coronel Plazas Vega había tenido como principal misión en la toma del Palacio de Justicia “trasladar los vehículos blindados” el 6 de noviembre de 1985 para rescatar a los rehenes.
Ante esta solicitud los representantes de los desaparecidos del Palacio de Justicia denunciaron al juez militar considerando que dicha petición fue un abuso de autoridad para entorpecer el caso.
Dos semanas después, el magistrado Ovidio Claros Polanco, el Consejo Superior de la Judicatura, decidió dejar en manos de la justicia ordinaria, y no la penal militar el proceso en contra del coronel en retiro.
Según el ponente de la decisión, fueron las dudas que surgieron en el estudio del caso. “Cuando persista una duda, debe pronunciarse la justicia ordinaria” y agregó “existen dudas cuanto a lo que son los actos del servicio y aún hoy hay personas cuyo paradero no se conoce”.
El coronel Plazas Vega fue condenado en junio de 2010 a 30 años de prisión por el delito de desaparición forzada por los hechos del holocausto del Palacio de Justicia.