Otro de los hechos oscuros de la carrera policial de Mauricio Santoyo se revelaría a través de las historias de vida de dos activistas de derechos humanos y también víctimas de desaparición forzada. Con el apoyo de sus compañeros de la Asociación de Familiares de Detenidos Desaparecidos, Asfaddes, en el año 2000, Ángel José Quintero Mesa y Claudia Patricia Monsalve Pulgarín realizaban en Medellín las labores de búsqueda de sus familiares desaparecidos. Ángel era perseverante en la búsqueda de siete familiares de su esposa Blanca Úsuga. Esta familia cargaba con el peso de la estigmatización, las amenazas y la represión dado que uno de sus miembros fue comandante de las Farc. A este individuo y al frente que comandaba se les atribuía la muerte de Alberto Uribe Sierra, padre del entonces gobernador de Antioquia (Álvaro Uribe). De otro lado, Claudia Monsalve padeció la detención y posterior desaparición de su hermano (el 6 de mayo de 1995), un joven estudiante de bellas artes de la Universidad de Antioquia, cuando se disponía a visitar un pueblo cercano a Medellín.
Las constantes amenazas y hostigamientos contra los miembros de Asfaddes se incrementaron para septiembre del año 2000, a tal punto que Ángel Quintero estudiaba la posibilidad de salir del país para garantizar su vida y la de su familia. Pero el tiempo jugó en su contra y el 6 de octubre de ese año, personas que se movilizaban en un vehículo Swift, color gris, obligaron a los defensores de derechos humanos a subir en él y se los llevaron sin dejar señales. Días después los captores se comunicaron con la Asociación y les informaron que los hechos acontecidos obedecían a una “represalia con contenido político”.
La zozobra crecía entre los compañeros de Claudia y Ángel, y se hacían múltiples conjeturas sobre los posibles responsables. Tras analizar todas las posibilidades, llegaron a una conclusión: quienes más se beneficiaban con la disminución de las acciones de denuncia de Asfaddes eran precisamente aquellas personas que siempre se habían señalado como responsables de múltiples desapariciones forzadas. Las miradas apuntaban hacia el director del Gaula en aquella época, el teniente coronel Mauricio Santoyo, mencionado en otros hechos de esa naturaleza.
Asfaddes, por su parte, ventilaría el caso de sus compañeros en diversos escenarios nacionales e internacionales, presentando numerosas denuncias y continuando en la búsqueda de los desaparecidos. La Corte Interamericana de Derechos Humanos se pronunció de manera vehemente dirigiendo órdenes claras de protección a favor de los miembros de la organización, mientras el Estado colombiano no lograba siquiera ubicar a los responsables. Las amenazas contra la asociación aumentaban de manera proporcional a las solicitudes a los organismos internacionales.
La desaparición de Ángel y Claudia se había convertido en un caso de connotación nacional que permitía desvelar los nexos criminales entre la Policía Nacional y los grupos paramilitares en Antioquia. Se abrió investigación disciplinaria contra Mauricio Santoyo, quien presumía de tener la conciencia limpia frente a cualquier acto de extralimitación de sus funciones, incluso en las situaciones que lo mostraban como presunto violador de derechos humanos.
Sin embargo, en octubre de 2003, para desconcierto del oficial, como resultado de la persistencia de los familiares de los desaparecidos, la Procuraduría General de la Nación ordenó su destitución en primera instancia, a partir de la confirmación de varios hechos que estaban ligados a las desapariciones forzadas. El ente disciplinario había comprobado que Mauricio Santoyo realizó casi dos mil interceptaciones o escuchas ilegales de comunicaciones contra miembros de organizaciones de derechos humanos y de víctimas a través de las Empresas Públicas de Medellín en el período 1997-2001. Entre las personas más interceptadas se encontraban los miembros de Asfaddes. El 15 de abril de 2005, la decisión se confirmaría en segunda instancia por la Procuraduría, ordenando la inhabilidad para ejercer cargos públicos durante cinco años.
Para el mando de la Policía Nacional era necesario esperar decisiones definitivas, no obstante mediante decreto 001235 del 21 de abril de 2005, acatando la decisión, se retiró del servicio activo a Santoyo, quien ya ostentaba el grado de coronel. Esto no era impedimento para que el oficial retirado apelara a cualquier vía jurídica que le permitiera mantener su poder dentro de la institución. Fue así como sus abogados demandarían las decisiones ante la jurisdicción administrativa.
En la instancia inicial, el Tribunal Administrativo de Cundinamarca estuvo de acuerdo con el fallo emitido por la Procuraduría. Mauricio Santoyo apeló la decisión, quedando su futuro y su carrera profesional en manos del Consejo de Estado. Para sorpresa de las víctimas y del movimiento de derechos humanos en Colombia, en abril de 2006 el alto tribunal ordenó suspender los efectos de la sanción disciplinaria al considerar que se habían presentado errores de procedimiento en la notificación de las decisiones disciplinarias. De la sala que tomó la mencionada decisión hacía parte quien después sería procurador general de la Nación, Alejandro Ordóñez. Así, el tiempo transcurrido favorecía al acusado, con lo cual la permisividad de las normas hacía posible que los actos delictivos en este escenario prescribieran. La Policía Nacional lo reintegró a sus actividades policíacas por medio del decreto 2635 del 4 de agosto de 2006. El coronel había triunfado. Se abrió paso a su reintegro laboral y de nuevo estaba listo para ejercer funciones dentro de la Policía (donde llegó a ser general). Mientras tanto, casi catorce años después, Asfaddes sigue buscando a los desaparecidos y pidiendo justicia.
El entonces presidente de la República, Álvaro Uribe Vélez, lo condecoró: “Me complace mucho haber entregado esta noche la Orden Nacional al Mérito al general Mauricio Santoyo, protector de todas las horas con su lealtad y toda su eficacia”.