A finales de septiembre de 2008, cuando el escándalo de la parapolítica estaba en su furor, la Corte Suprema de Justicia decidió no expandir sus poderes para investigar a aquellos congresistas investigados por nexos con las autodefensas, que renunciaron a su curul, para evitar que el alto tribunal los procesara. En estos casos le correspondía a la Fiscalía asumir el proceso y fue entonces cuando empezó a rondar la pregunta de si el ente acusador tenía la capacidad y la rigurosidad para adelantar los procesos.
Este panorama, que quedó retratado en un cable enviado de la EE.UU. en Bogotá a su central en Washington, contó con un ingrediente adicional: las opiniones del magistrado estrella de la parapolítica, Iván Velásquez, sobre la competencia del ente acusador. Para él, la Fiscalía no le daba la talla a la Corte cuando se trataba de investigar a congresistas implicados con las autodefensas.
El cable decía que, contrario a lo que los medios habían especulado, la Corte había desistido desde el 18 de septiembre a reclamar su derecho a investigar todos los casos de parapolítica. Una medida polémica, se diría, si se tiene en cuenta que crecían los rumores de que la Fiscalía les daba mejor trato a los exparlamentarios, del que les daba el alto tribunal.
Defendiendo esta teoría, en conversación con la Embajada, el magistrado dijo que la Fiscalía, entonces dirigida por Mario Iguarán, era más susceptible a la corrupción y a la presión política que la Corte. Además, poco rigurosa en las investigaciones.
Seguidamente, el cable dejó constancia de una conversación que sostuvo la Embajada con el presidente del Senado, Germán Varón, y el congresista liberal Guillermo Rivera, en la que estuvieron de acuerdo en que la votación de la Corte sobre la decisión de no expandir su poder en las investigaciones por parapolítica era muestra de que el alto tribunal quería apaciguar sus relaciones con el entonces presidente Álvaro Uribe Vélez. En una siguiente conversación, el representante a la Cámara Carlos Piedrahíta dijo que el voto clave había sido el del magistrado Leonidas Bustos, quien supuestamente cambió su opinión a último minuto para mantener el statu quo.
La Embajada después afirmó que en un estudio hecho de los 70 casos de congresistas investigados por nexos con paramilitares, se demostraba que aquellos que renunciaban a su curul no tenían mejor trato en la Fiscalía que en la Corte. Argumentaron que de los seis congresistas que hasta entonces habían sido condenados, la Fiscalía había sentenciado a tres (dos por aceptación de cargos) y la Corte a otros tres.
El cable dejó claro que, a pesar de las críticas de los aliados de Uribe por dictar medida de aseguramiento contra congresistas sospechosos de ser aliados de los ‘paras’, tanto la Fiscalía como la Corte habían usado su autoridad para meterlos en prisión. También se señaló que para finales de septiembre la Fiscalía había ordenando 15 detenciones preventivas, mientras que el alto tribunal sólo había ordenado 10. Además, que sólo cuatro de los 33 miembros del Congreso que están en investigación habían renunciado a su curul.
Volviendo a la conversación con Velásquez, el informe señaló que éste defendió las acusaciones que se le hacían a la Corte de tener un sesgo político a la hora de adelantar los procesos. Además, que negó que el alto tribunal adelantara investigaciones secretas para no dar oportunidad a los implicados de estructurar su defensa. El magistrado auxiliar, sin embargo, estuvo de acuerdo en el hecho de que una debilidad de la Corte era confiar plenamente en los testimonios que proporcionaban los paramilitares desmovilizados, pero agregó que esto era inevitable, debido a que las pruebas físicas habían sido manipuladas.
Velásquez reconoció que la credibilidad de la Corte estaba en juego y que se debía tener sumo cuidado con las declaraciones de los testigos, antes de hacer cualquier acusación. En respuestas a las denuncias del Ejecutivo, que indicaban que el alto tribunal no estaba tomando partido sobre las investigaciones de nexos de funcionarios con las Farc, el magistrado indicó que estos casos habían empezado en junio de ese año, mientras que la parapolítica comenzó en 2005.
Para terminar, el informe dejó claro que la decisión de la Corte sí evitó un nuevo pleito con Uribe, pero que no acabaría con el conflicto entre el Ejecutivo y el Judicial. Sostuvo que Velásquez les había dicho que el escándalo de la parapolítica empeoraría y que por lo menos caerían tres legisladores del Valle del Cauca, entre esos el ya condenado Juan Carlos Martínez Sinisterra.
Justo un año después de este episodio, la Corte cambió la decisión y retomó los procesos contra los congresistas investigados por la parapolítica.