Desde entonces empezaron a sonar las versiones de sus aspiraciones presidenciales a 2010. Cuando resultó electo en la alcaldía de Medellín su votación independiente sobrepasó los 200.000 votos.
En entrevistas que dio durante su gestión le atribuyó la favorabilidad a “la transparencia y la coherencia, pero eso tiene que ir apoyado con seriedad en las cosas que se hacen y planean”.
Sus acciones más importantes fueron la transformación de Medellín y la inversión social. “Nuestras construcciones más hermosas deben ser en las áreas más pobres”, decía en su gestión.
Para ese objetivo, contrató importantes arquitectos que realizaron lujosas bibliotecas, escuelas y edificios públicos.
El gasto público en educación durante su gestión fue del 40% del presupuesto anual de Medellín, que es de US$900 millones. En transporte también hizo mejoras con la expansión de las líneas de Metrocable a los sitios más humildes de la ciudad.