Debutó en el Atlético Júnior de Barranquilla en el año 2002, allí estuvo hasta el año 2005, pero antes de salir del onceno ‘Tiburon’ el mediocampista se coronó campeón con el club que lo dio a conocer en el profesionalismo en el año 2004, cuando junto a sus compañeros vencieron al Atlético Nacional en la final de la Copa Mustang II.
Su segundo título lo consiguió vistiendo los colores del Cúcuta Deportivo, al equipo de la frontera llegó en 2006, pero no fue sino hasta el segundo semestre de ese mismo año que el jugador pudo celebrar su segundo título con el onceno ‘motilón’, tras vencer en la final de la Copa Mustang II al Deportes Tolima.
En el año 2008, Macnelly Torres fue comprado por el Colo Colo de Chile, ese mismo año el barranquillero celebraría su primer título en el exterior, tras la victoria en la final del Torneo Clausura del país austral, donde el ‘Cacique’ superó al Palestino que tuvo que conformarse con el subtítulo.
Al siguiente año Macnelly volvería a celebrar un título con Colo Colo, en esta ocasión su equipo se adjudicaría de nuevo el Torneo Clausura, luego de superar en la final a la Universidad Católica por el marcador de 4-2 en la final de vuelta disputada en el Estadio Santa Laura (en la final de ida jugada en el Estadio monumental empataron 2-2).
Su más reciente conquista la logró este sábado con el Atlético Nacional en la Liga Postobón 2011 en un duro partido que tuvo que definirse desde los doce pasos, donde el onceno verdolaga terminó imponiéndose a un aguerrido Equidad que hasta el último minuto dio la pelea.
Macnelly Torres fue el encargado de patear el segundo penalti de su equipo, sin embargo, no contó con fortuna y Diego Novoa le atajó el disparo, pero por fortuna para Macnelly su compañero, Gastón Pezzuti atajó dos disparos y de esta forma el barranquillero pudo celebrar junto a la afición verde el título del rentado nacional y el quinto en su cuenta personal.