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Hernández llegó al Medellín después de su paso por el Atlético Junior, donde logró convertirse en un ídolo barranquillero. Cuando se unió al equipo antioqueño, el DT era Oscar Pérez, donde también estaban varias figuras: Cleider Alzáte, Herner, además de la incorporación de Juan Pablo Pino.
Tras los malos resultados de Pérez, tuvo que ser apartado del cargo y volver a las divisiones inferiores del DIM, en su reemplazo llegó Pedro Sarmiento, DT de la casa antioqueña.
El Medellín no empezó bien la temporada en el Finalización 2013, donde Giovanny Hernández muestra destellos de buen fútbol pero con poco protagonismo.
Se conoció de su posible renuncia tras no ser tenido en cuenta en la titularidad del DIM, donde el equipo rojo de Antioquia enfrentaba el clásico con Nacional. Eso produjo la rabia del jugador, que tampoco se presentó a entrenamientos el sábado con su equipo.
Giovanny Hernández, estelar volante 10 del fútbol colombiano, tuvo gran protagonismo en Chile cuando jugó en Colo Colo, además de también haber sido figura de la Selección Colombia.