El ente acusador encontró evidencias que podrían demostrar que Pedro Antonio Marín, alias "Manuel Marulanda Vélez" o alias "Tirofijo", y Jorge Enrique Briceño, alias "Mono Jojoy", tienen responsabilidad en el plagio del pequeño, liberado en el año 2008.
Un fiscal de la Unidad Nacional contra el Secuestro y la Extorsión formalizó la acusación por el presunto delito de secuestro simple agravado.
Emmanuel nació el 16 de abril de 2004 y estuvo bajo la responsabilidad de Elí Mejía Mendoza, alias ‘Martín Sombra', quien recibió de alias 'Tirofijo' y alias 'Mono Jojoy' la orden de custodiar a los plagiados, lo que llevó a la apertura de la investigación, informó la Fiscalía.
El 10 de enero de 2008 retornó a la libertad la ex candidata Clara Rojas junto a Consuelo González de Perdomo, tras haber sido secuestrada por la guerrilla de las Farc y permanecer durante seis años en cautiverio.
El menor había sido ubicado por agentes del Cuerpo Técnico de Investigación, CTI, en un jardín del Instituto Colombiano de Bienestar Familiar, ICBF, en Bogotá, previo a la entrega de los secuestrados por parte de la insurgencia que, inicialmente, había incluido el nombre de Emmanuel, cuando el niño no estaba en su poder.