En 1999, la Sala Penal de la Corte Suprema de Justicia inició una investigación en contra del entonces representante a la Cámara Rafael Antonio Flechas Díaz por el delito de concusión, que implicó que fuera detenido el 17 de mayo de 2001. El congresista renunció a su curul para que la Fiscalía asumiera la investigación y el 21 de septiembre quedó libre por vencimiento de términos. No obstante, el 14 de mayo de 2003 la Fiscalía lo acusó y ordenó detenerlo hasta el mes de agosto siguiente. Meses después todo el proceso en su contra se desboronó y finalmente fue declarado inocente.
Rafael Antonio Flechas demandó a la Nación por la detención injusta de la libertad que sufrió por seis meses en el año 2003 y ganó. Primero en el Tribunal Administrativo de Antioquia que condenó a la Nación, representadas en la Fiscalía y la Rama Judicial, a pagarle a él y a su familia más de $360 millones. Y, luego, por el Consejo de Estado que aumentó esa cifra al hacer nuevamente el cálculo para un valor definitivo de un poco más de $500 millones.
El Consejo de Estado hizo el ajuste al encontrar que el Tribunal se había equivocado con las reparaciones concedidas a los familiares del excongresista y al conceder, además, el daño a la vida en relación por las consecuencias negativas que implicó para su vida la detención que tuvo que enfrentar Flechas. El alto tribunal además ordenó a la Fiscalía y a la Rama Judicial dar a conocer esta sentencia como una medida restaurativa en favor del excongresista.
“Se encuentra acreditada la vulneración a los bienes convencional y constitucionalmente protegidos al buen nombre y a la honra que sufrieron Rafael Antonio Flechas y su familia, de modo que, ante la gravedad de las acusaciones en su contra, las cuales derivaron en el daño que se les causó, tienen derecho a su reparación integral mediante la adopción de medidas no pecuniarias, dado que al momento de su detención era Representante a la Cámara, es decir, una persona ampliamente conocida en la región”, dice el fallo.