La Fiscalía y la Procuraduría General presentaron recurso de apelación en contra del fallo que absolvió por el delito de tráfico de armas de uso privativo de las Fuerzas Militares a la cúpula de las Farc en hechos registrados entre marzo y agosto de 1999. En la decisión emitida por el juzgado segundo especializado de Villavicencio se prescribió además la acción penal por el delito de concierto para delinquir.
En el recurso se citan los informes hechos por la CIA de los Estados Unidos y el Gobierno de Perú en el cual se demuestra la participación de dicho grupo guerrillero en la compra de 10 mil fusiles de asalto AKM Kalashinkov calibre 7.62 a una organización internacional de tráfico de armas liderada por el exasesor presidencial peruano Vladimiro Montesinos al gobierno de Jordania.
En el mismo se cita jurisprudencia de la Corte Suprema de Justician en la cual se manifiesta que el delito de rebelión lleva inmerso el empleo de armas, por lo que no se puede configurar como delito único para endilgarles a la cúpula de las Farc. Hecho por el cual pide reabrir el caso y emitir fallo de fondo.
En el 2013 el juzgado declaró extinción de la acción penal por muerte de los procesados Pedro Antonio Marín, alias ‘Tirofijo’; Guillermo León Sáenz Vargas, alias ‘Alfonso Cano’; Víctor Julio Suárez Rojas, alias ‘Mono Jojoy’; Luis Edgar Devia Silva, alias ‘Raúl Reyes’; Tomás Medina Caracas, alias ‘El Negro Acacio’ y Manuel de Jesús Muñoz Ortíz, alias ‘Iván Ríos’.
Igualmente se declaró cesación del procedimiento contra Vlademiro Montesinos Torres y 9 personas más, por los delitos de concierto para delinquir y tráfico de armas, por haber sido procesados por los mismos hechos, en Perú.