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Luego de que la Corte Constitucional definiera que la Fiscalía será el organismo de manejar los bienes de la extinta guerrilla de las Farc en proceso de extinción de dominio, La Jurisdicción Especial para la Paz (JEP) se pronunció al respecto. Esta justicia espacial, además de acatar la decisión del alto tribunal, señaló que “celebra que la corte haya acogido el argumento central de esta jurisdicción, respecto a que los bienes de esta exguerrilla se usen exclusivamente para la reparación de las víctimas del conflicto armado”.
Este episodio del enfrentamiento entre la JEP y la Fiscalía surgió en de junio de 2018, cuando el director de la Unidad Investigación y Acusación (UIA) de la JEP, Giovanni Álvarez, solicitó al Tribunal Especial de Paz, medidas cautelares sobre el inventario de bienes y activos de la antigua guerrilla. La petición pretendía proteger los bienes relacionados en el inventario que entregaron las Farc en agosto de 2017.
En ese momento, el secretariado del Estado Mayor de las Farc le entregó al Mecanismo de Monitoreo y Verificación de la ONU un listado definitivo de bienes y activos compuesto por más de 240.000 hectáreas, 724 cabezas de ganado, 597 caballos, más de $16.000 millones en caletas, “3.753 kilómetros de infraestructura vial”, “inversión social por $4.484.940.000”, armamento y hasta 327.520 gramos de oro. Incluyó, también, los bienes activos en poder de la Fiscalía “que esta institución atribuye a las Farc”.
Sin embargo, el fiscal Martínez señaló que el ente investigador había sido el artifice de la incautación de esos bienes y que y que, en su consideración, debían seguir por el camino de la extinción del dominio. Es decir, un juez debía decretar si efectivamente los bienes eran de la guerrilla y pasar su titularidad al Estado, para que este los administre por medio del Fondo para la Rehabilitación, Inversión Social y Lucha contra el Crimen Organizado (Frisco). De ser así, una vez se moneticen las propiedades que la Fiscalía les ha incautado a las Farc, esos recursos se repartirán un 25 % para la Rama Judicial, un 25 % para el propio ente investigativo y el 50 % restante para el Gobierno.
A su vez, el fiscal general señaló que "La decisión de la Corte Constitucional de que la Fiscalía debe continuar incautando bienes de origen ilicito de las Farc, nos comprometen aún más en el propósito de lograr recuperar más activos para que podamos indemnizar a las víctimas del conflicto armado. A Esta fecha ya tenemos 1.748 bienes, avaluados en 2.4 billones de pesos(...)".