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Del Río está acusado de la muerte de Marino López Mena, ocurrida el 27 de febrero de 1997 en el municipio de Bijao, en el departamento de Chocó.
En contexto: General (r) Rito Alejo Del Río se someterá a la Justicia Especial para la Paz
De acuerdo con el expediente judicial, el general se alió con grupos paramilitares durante el tiempo que estuvo a cargo de la Brigada XVII del Ejército Nacional, con sede en Urabá. Además, es uno de los primeros condenados por el escándalo de los llamados "falsos positivos", en donde civiles fueron presentados por militares como guerrilleros muertos en combate para obtener beneficios.
Rito Alejo del Río es investigado también por los asesinatos del periodista y humorista Jaime Garzón en 1999 y del excandidato presidencial Álvaro Gómez Hurtado en 1995, así como por la masacre de Mapiripán, en la que murieron al menos 50 personas en 1997. (Lea: General (r) Rito Alejo Del Río, a indagatoria por la masacre de Mapiripán)
El alto oficial fue uno de los principales contradictores militares de la guerrilla, especialmente cuando comandó la Brigada con sede en Urabá a finales de los años 90 y la decimotercera brigada con sede en Bogotá. De esas labores como comandante militar derivaron las investigaciones judiciales que lo llevaron a la cárcel, más de una década después de los hechos por los cuales fue acusado. (Le puede interesar: Reabren investigación al general Rito Alejo del Río por crimen de Gómez Hurtado)