Temas como la responsabilidad de mando, la participación de las víctimas en los procesos judiciales y la reparación material de quienes han sido damnificados por el conflicto armado son algunos de los asuntos que preocupan.
Para organismos como Dejusticia, la Misión de Observación Electoral o la Comisión Colombiana de Juristas, entre otros, el acto legislativo de la JEP es indispensable para la implementación del acuerdo de paz entre el Gobierno y las Farc. Sin embargo, en su articulado existen una serie de materias que ponen en riesgo los derechos de las víctimas y la individualización de responsabilidades de autores de graves crímenes.
Entre los asuntos más preocupantes, según el constitucionalista Rodrigo Uprimny, está el que no se hace claridad sobre el carácter independiente de la Comisión de Búsqueda de Personas dadas por Desaparecidas, ya que la deja en manos del Poder Ejecutivo. También refirió que es preocupante que el articulado no introduzca la obligación para que los terceros civiles comparezcan ante la JEP, cuando sean vinculados a delitos graves.
De igual manera, Uprimny señaló que el proyecto “no tiene regulación explícita de la responsabilidad del mando para comandantes guerrilleros”, y que en cuanto a los agentes de Estado hay una “cláusula explícita de responsabilidad para mandos policiales y militares, pero no para otros agentes civiles de Estado, como alcaldes o gobernadores”.
Finalmente, el investigador advierte que el acto legislativo “exige requisitos formales jurídicos y materiales para que se entienda que hay subordinación con el superior. Pero el Derecho Penal Internacional no exige requisitos formales”. En términos generales, las organizaciones expertas puntualizaron que a los agentes de Estado se les está ofreciendo impunidad cuando se advierte que serán juzgados teniendo en cuenta el Código Penal Colombiano en el momento de la comisión del delito.