Uno de los cambios más significativos que tuvo la implantación en Colombia de un sistema procesal adversarial fue el de quitarle a la Fiscalía la posibilidad de decidir sobre la libertad de los investigados, facultad que se radicó de manera exclusiva en los jueces de garantías. Son ello los únicos que pueden imponer, modificar o revocar medidas de aseguramiento; por eso la petición de libertad del exsenador Uribe, presentada ante la Fiscalía, resultaba absolutamente improcedente.
Lo que realmente había detrás de ella era un cuestionamiento a la validez de las actividades realizadas por la Corte Suprema mientras se ocupó del asunto; se trataba en realidad de una velada solicitud de nulidad, en cuanto se buscaba que la Fiscalía revocara la detención porque no se había llevado a cabo una audiencia de imputación (conforme a la Ley 906), sino tan solo una diligencia de indagatoria (según la Ley 600). Esto tampoco es factible, porque en el actual sistema procesal la Fiscalía no tiene la potestad de anular las investigaciones, ni mucho menos la de desconocer decisiones adoptadas por los jueces. Sólo estos últimos pueden invalidar una actuación penal.
La pérdida de competencia de la Corte Suprema cuando un parlamentario deja de serlo implica pasar de un procedimiento de tendencia inquisitiva a uno de corte adversarial, cuyas diferencias son significativas. Cuando ese cambio se presenta, una opción teórica sería la de invalidar todo el trabajo desarrollado por la Corte y reiniciarlo desde cero. Si se eligiera esa solución, podría ocurrir que el congresista renunciara a su curul cuando solo estuviera pendiente de proferirse la sentencia, con lo cual conseguiría que después de años de trabajo judicial su expediente tuviera que arrancar de nuevo en la Fiscalía, con muchas probabilidades de conseguir una prescripción. Y si por alguna razón el caso tuviera que regresar a la Corte (ya ha ocurrido), la investigación volvería a comenzar por tercera vez. Ya no solo se podría decir que el procesado escoge su juez, sino que también se estaría dejando en sus manos la posibilidad de anular lo hecho por los funcionarios de cuya jurisdicción se aleja.
Una forma distinta de resolver esta tensión consiste en admitir que las actuaciones desarrolladas en vigencia de la Ley 600 conservan toda su fuerza vinculante, porque fueron adelantadas por jueces competentes en cumplimiento de las normas que regían su actividad. Pero como esos procedimientos se componen de varias etapas, el cambio de jurisdicción implica que aquellas terminadas por el funcionario que deja el caso se mantienen incólumes, y que las diligencias deben continuar con la otra legislación, pero a partir de la etapa siguiente. En lo atinente al exsenador Uribe, esto significa que la fase procesal que llega hasta la definición de la situación jurídica ya fue agotada por la Corte con la imposición de una medida de aseguramiento y por consiguiente sigue siendo válida. La Fiscalía debe asumir el conocimiento desde ese momento, conforme a la Ley 906, y afrontar la etapa siguiente que consiste en avanzar en la investigación y decidir si lo acusa o solicita la preclusión ante un juez.