Desde septiembre de 2015, la Defensoría del Pueblo ha advertido sobre los riesgos, debido a la incursión de las Autodefensas Gaitanistas de Colombia (Agc) y de la guerrilla del Eln en la margen occidental del Bajo Atrato (cuencas de los ríos Truandó, Salaquí, Domingodó y Cacarica). Según los reportes de la Defensoría, a finales de 2015 y comienzos de 2016, los combates entre los grupos armados ilegales causaron el desplazamiento forzado de más de 1.000 personas y el confinamiento de unas 6.000 en las cuencas de los ríos Truandó y Salaquí. En diciembre de 2016, las Agc incursionaron en la cuenca del río Cacarica, sector de Balsas, y a finales de enero de 2017, continuaron avanzando hacia la cuenca del río Cacarica.
El proceso de expansión de los grupos armados ilegales y los combates entre ellos ha generado el desplazamiento forzado de más de 500 personas y el confinamiento de otras 1.200 en la subregión del Baudó, afectando gravemente a las comunidades negras e indígenas. El defensor del Pueblo, Carlos Negret, hizo un llamado a las autoridades debido a la grave situación de vulneración de derechos que se viene presentando en la subregión del Baudó (municipios de Alto, Medio y Bajo Baudó), así como en la subregión del Bajo Atrato (Riosucio y Carmen del Darién), en Chocó.
Negret aseguró que el pasado 6 de marzo las Agc incursionaron en la cuenca del río Truandó, en donde se ha venido posicionando el Eln desde el segundo semestre de 2015. El 9 de marzo se iniciaron combates entre ambos grupos ilegales, sin que se conozca la situación debido a que las AGC restringieron el ingreso a la cuenca. El 7 de marzo, señaló la Defensoría, las Agc secuestraron a varios pobladores de la comunidad de Domingodó (Carmen del Darién), pero ante la resistencia civil de los pobladores y la respuesta de la Armada, el grupo armado se retiró y dejó en libertad a las personas. Sin embargo, persistiría el riesgo de que vuelvan a incursionar.
Además, el 9 de marzo la Defensoría conoció de la incursión de las Agc en la cuenca del río Jiguamiandó, en el Resguardo Urada Jiguamiandó, en un proceso expansivo iniciado en diciembre de 2015 de Pavarandó a Curbaradó y Jiguamiandó. Entre septiembre de 2015 y el 9 de marzo de 2017, las Regionales de Urabá y Chocó, el Sistema de Alertas Tempranas y la Defensoría Delegada para los Derechos de la Población Desplazada han enviado unas 40 comunicaciones requiriendo medidas de prevención, protección y atención.
Ante esta crisis humanitaria, el defensor Negret hizo un llamado al Gobierno para que de manera urgente se convoquen misiones humanitarias interinstitucionales en el Bajo Atrato y el Baudó, para tomar medidas pertinentes de atención, prevención, protección, restablecimiento de derechos y garantías de no repetición. En línea con lo anterior, el defensor del Pueblo instó al Gobierno, particularmente a los Ministerios de Defensa y del Interior, para que se fortalezca la capacidad de respuesta en materia de seguridad, prevención y protección, al tiempo que se requiere que la Unidad de Víctimas fortalezca sus labores para lograr el restablecimiento pleno de los derechos de la población desplazada y en riesgo.