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Aproximadamente a las 8 de la mañana del 19 de mayo de 1997, cuatro hombres en un Renault 9 blanco, vestidos completamente de negro y armados, entraron a la fuerza al apartamento de Mario Calderón y Elsa Alvarado, investigadores del Centro de Investigación y Educación Popular (Cinep). Fingiendo ser agentes del CTI de la Fiscalía, los hombres amordazaron al vigilante del edificio ubicado en el barrio Chapinero de Bogotá, además a un estudiante y un taxista que se encontraban al frente.
A disparos abrieron la puerta del apartamento en el que se encontraba la pareja, acompañados de su hijo Iván, de 18 meses, y de los padres de Elsa, Elvira Chacón y Carlos Alvarado. Mientras que Elsa logró esconder a su hijo en un closet, a su madre le dispararon de gravedad, a Mario lo mataron contra la pared, al padre de Elsa en la cama y a esta en su habitación. Antes de esa mañana, Mario Calderón y Elsa Alvarado habrían recibido intimidaciones por parte del Ejército. En un retén militar, miembros del Ejército les pidieron información personal.