Luego de la trascendental decisión, la pregunta que hoy se hacen los analistas es si ahora la justicia investigará si los generales en retiro Jesús Armando Arias Cabrales, entonces comandante de la Brigada 13 del Ejército, y Rafael Samudio Molina, a la sazón comandante del Ejército, tuvieron alguna responsabilidad en estos hechos. Ambos ex oficiales han declarado en la Fiscalía precisamente en el proceso que tiene en serios aprietos judiciales al coronel Plazas Vega. De hecho, la Fiscalía le pidió a la Comisión de Acusación de la Cámara de Representantes en octubre pasado investigar al ex presidente Belisario Betancur por estos mismos sucesos
En octubre del año pasado la Fiscalía también había dictado resolución de acusación en contra del coronel (r) Edilberto Sánchez Rubiano, quien se desempeñaba entonces como director de Inteligencia de la Brigada 13 del Ejército, del capitán Óscar William Vásquez y tres suboficiales más quienes, según el ente acusador, no explicaron satisfactoriamente el destino de los 11 sobrevivientes del Palacio de Justicia, entre ellos dos subversivos del M-19, que fueron llevados a la Casa del Florero bajo el control de militares. La defensa de Plazas Vega ha sostenido vehementemente que como comandante de la Escuela de Caballería su función había sido rescatar a los rehenes y entregárselos a Sánchez Rubiano.
No obstante, la fiscal delegada ante la Corte Suprema de Justicia que durante dos años ha llevado el expediente, encontró varios documentos comprometedores que salpican al coronel Plazas Vega. Uno de ellos es un folleto titulado Instructivo de Inteligencia contra el M-19, que elaboró el Ejército en 1980.
Según el documento, varias unidades militares estaban encargadas de labores de inteligencia, como la Escuela de Caballería, entonces dirigida por Plazas Vega. "Una de las actividades de la Unidad de Inteligencia es la de identificar, capturar e interrogar a los miembros de ese grupo subversivo", asegura uno de los fragmentos del folleto, lo que evidenciaría que había una directriz no sólo para capturar a los miembros de esta guerrilla sino, además, para desarrollar tareas de inteligencia. Por eso tomó fuerza para la Fiscalía la tesis de que muchos de los sobrevivientes del holocausto fueron interrogados y posteriormente desaparecidos por unidades militares.
Además existen testimonios que comprometen la participación de Plazas Vega en la cruenta retoma de los militares al Palacio de Justicia. Durante más de 22 años de investigación de este voluminoso caso, que revivió la Fiscalía de Mario Iguarán, han sido aportadas al proceso más de 600 pruebas testimoniales y documentales. Sin embargo, quizá una de las declaraciones más contundentes fue la que rindió Ricardo Gámez Mazuera, un ex oficial que entre 1977 y 1989 hizo carrera como agente de inteligencia del Estado. Gámez, actualmente asilado en Europa, le ha contado a la justicia con lujo de detalles las torturas a las que habrían sido sometidos varios de los sobrevivientes del holocausto por cuenta de algunas unidades militares.
Más allá de las pesquisas judiciales, el interrogante que ronda en los pasillos de las Fuerzas Militares es si la Fiscalía vinculará a los generales que participaron en la retoma del Palacio de Justicia. Algo que no sería descabellado ya que, como se dijo antes, ese mismo ente acusador pidió indagar a la Cámara de Representantes la actuación del entonces presidente Belisario Betancur, el máximo comandante de las Fuerzas Armadas de Colombia.
Durante todos estos años todos los militares involucrados en este caso han sostenido que "tienen la conciencia tranquila". No obstante, qué duda queda, la trascendental decisión de la Fiscalía pone contra las cuerdas el mando militar de entonces y pone en entredicho la legitimidad de las Fuerzas Militares.