El expresidente del Congreso es investigado por haberse reunido en diferentes oportunidades con los excomandantes paramilitares Iván Roberto Duque y Rodrigo Pérez Alzate, alias ‘Julián Bolívar’ en Medellín, Puerto Berrío y Bucaramanga para firmar un pacto con beneficios propiamente electorales.
En dichos encuentros también se han referenciado la asistencia de varios concejales de Bucaramanga y el exgobernador de Santander Hugo Aguilar, quien también es investigado por sus presuntos nexos con paramilitares.
En diferentes oportunidades durante el transcurso del juicio, el excongresista ha negado haberle entregado más de mil millones a los paramilitares, como la han señalado algunos testigos, y se ha catalogado como una “vícitma” de este gurpo armado ilegal.
En junio pasado la Procuraduría lo destituyó e inhabilitó por 20 años al considerar que Gil "promovió y auspició" grupos paramilitares cuando se desempeñó como senador de la Republica en los periodos 2002-2006 y 2006-2010 con el fin de buscar beneficios políticos de cara a las elecciones en esas dos votaciones.