Los magistrados de la Sala Penal señalaron en ese momento que quien lo acusó no fue el juez natural, pues el indicado para adelantar el proceso era el fiscal General de la Nación, Mario Iguarán y no un Fiscal Delegado, como efectivamente ocurrió.
Por esta razón, los magistrados compulsaron copias a la Comisión de Acusaciones para que se investigue la conducta del fiscal Iguarán Arana, por las presuntas irregularidades cometidas en el proceso, específicamente pidieron que se le investigue por omisión.
Al respecto, Orlando Perdomo Ramírez, abogado defensor de Noguera, sostuvo que el jefe del ente acusador tendrá que responder por el año que el ex director del DAS permaneció en prisión.
Noguera es investigado por la presunta infiltración de paramilitares en el DAS y por las posibles irregularidades en el manejo de dineros del Plan Colombia que fueron destinados a esa dependencia.
Según la Fiscalía, existían declaraciones y soportes documentales que prueban que Noguera puso la agencia de inteligencia del Estado al servicio de las autodefensas. El auto del ente acusador sostiene que en agosto de 2003 Noguera torpedeó un operativo de las autoridades, denominado Ciclón, en contra del jefe paramilitar Hernán Giraldo Serna.
De hecho, el investigador del DAS que coordinó el operativo contra Giraldo, Sigifredo Puentes, fue trasladado al departamento de Arauca -en donde estaba amenazado de muerte- y obligado a renunciar.
También indagó la Fiscalía si Noguera les entregó a Hernán Giraldo Serna y a Rodrigo Tovar Pupo, alias Jorge 40, información privilegiada a través de José Gelves Albarracín, alias El Canoso, y Jorge Castro Pacheco, reconocido político de la Costa Atlántica que hoy está detenido por órdenes de la Fiscalía.
Además, se investigó si Noguera se reunió con Jorge 40 para que apoyara a José Fernández de Castro a la Gobernación del Magdalena; si a través del ex director regional del DAS Javier Valle Anaya -conocido en las Auc bajo el seudónimo de J. Valle- se les entregaron a los ‘paras' listados de sindicalistas y gente de izquierda que posteriormente fueron asesinadas, como el profesor Alfredo Correa de Andreis.