Entre 1899 y 1902 se peleó la Guerra de los Mil Días entre distintas facciones de hombres conservadores y liberales. En los meses que la antecedieron, el Senado hundió la Ley de Elecciones, que establecía garantías para la participación del liberalismo, que se encontraba en la oposición. Muchos sintieron entonces que los caminos electorales se cerraban. Es por esto que, tras años de crisis económica y 39.000 muertes en combate, los partidos Liberal y Conservador acordaron compartir el poder mediante un nuevo conjunto de reglas electorales. El llamado voto incompleto fue la piedra angular de este pacto. Los conservadores les ofrecieron a los liberales una representación permanente en los distintos cuerpos de la Rama Legislativa y a cambio los liberales abandonaron las armas.
“En toda elección popular en la que haya de votarse por más de dos individuos”, dice la regla de voto incompleto, “se votará por las dos terceras partes, y se declararán elegidos en el escrutinio los candidatos que hayan obtenido el mayor número de votos, hasta completar el número total de los individuos que se trate de elegir”. Por ejemplo, en una elección popular de representantes a la Cámara en el Distrito Electoral de Antioquia se debía elegir a seis representantes, pero con el sistema del voto incompleto los antioqueños votarían solamente por las dos terceras partes, es decir, se votará por cuatro representantes.
En actas de los ministerios de la década de 1910 se ve cómo mediante el voto incompleto se abrió espacio legal, institucional (y en la mente de conservadores acostumbrados a estar solos en el poder) para compartir las decisiones con la oposición. El liberalismo, por su cuenta, fue también acostumbrándose a ser parte del Estado, alejándose de la tradición militar heredada de la guerra. Fue instaurándose poco a poco una transición a la representación proporcional, según la cual “en ningún caso un mismo partido político” podía obtener “más de las dos terceras partes del número de individuos que deben ser elegidos de acuerdo con la ley”.
Esto, como era previsible, fue haciendo agua con el tiempo. El Partido Conservador comenzó a presentar distintas listas a las elecciones para burlar la proporcionalidad y asegurar mayorías absolutas. El liberalismo y sus varias corrientes socialistas comenzaron a sentir que el sistema las destinaba a ser minoría para siempre. Al iniciar la década de 1920 el Partido Liberal anunció que ya era hora de abrir las puertas de la alternancia presidencial y poner fin a la Hegemonía Conservadora. Esto tomó tiempo, y fue solo hasta 1930 cuando dicha alternancia se materializó.
La República Liberal dejó toda serie de reformas democráticas y progresistas, pero duró poco. Un clima de miedo y tensión empezó a cernirse sobre el país por cuenta de la intensa oposición al reformismo. Los conservadores afirmaron que estaban en juego la Constitución de 1886 y la existencia del orden, el latifundio y de las virtudes católicas. El liberalismo acabó por dividirse entre moderados y reformistas, mientras las facciones más reaccionarias del Partido Conservador tomaron la delantera. Tras el asesinato de Jorge Eliécer Gaitán, ambos partidos se esforzaron por crear algún tipo de acuerdo que impidiera una nueva guerra, pero fracasaron. Los liberales quisieron presentarse a elecciones en 1949 en cabeza de Darío Echandía, pero tras un intento fallido de asesinar a Echandía y el cierre del Congreso, concluyeron que las elecciones serían una farsa. El país entró en una confrontación armada a la cual solo puso fin el Frente Nacional.
Este sistema de alternancia en el poder fue, de cierta forma, una nueva reforma electoral para mejorar una situación invivible. Como el voto incompleto se quedó corto muy rápidamente, pero logró pequeñas ganancias, como que bandos políticos en guerra (y con muy poco en común) se sentaran a la mesa.