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Una de las características del diseño de la JEP fue la de prever mecanismos para resolver la situación jurídica de todos los integrantes de la fuerza pública, terceros o miembros de las extintas FARC que hubieran cometido delitos durante y en relación con el conflicto. Esto es especialmente importante para los combatientes rasos de la guerrilla, porque para reincorporarse a la sociedad necesitan no tener cuentas pendientes con la justicia.
Se estipuló que los máximos responsables reciban una sanción cuya naturaleza y duración varía dependiendo del grado de colaboración que presten para esclarecer los hechos e individualizar autores. Frente a quienes en la base de la organización insurgente cometieron infracciones penales de menor impacto, se previó la concesión de amnistías e indultos. Para los que están en medio de esos dos grupos, porque pese a la gravedad de sus conductas ilícitas no fueron seleccionados como máximos responsables, se dispuso practicar una segunda criba: a quienes colaboraron marginalmente en la comisión de los crímenes, se les puede terminar el proceso; y a los que tuvieron un papel relevante en ellos —sin llegar a ser máximos responsables— se les declara culpables pero no se les impone ninguna sanción a cambio de que cumplan con los compromisos que se les asignen, como la reparación a las víctimas y el aporte de verdad.
La Sección de Apelaciones de la JEP, a través de sentencias interpretativas, quiso cambiar este diseño, diciendo que quienes no habiendo sido considerados como máximos responsables fueron enviados a la Sala de Definición de Situaciones Jurídicas, debían ser sometidos por esta a una nueva selección que permitiera investigarlos, juzgarlos y eventualmente imponerles sanciones. Así, todos los antiguos integrantes de las FARC debían acudir a la JEP para ofrecer verdad; si no lo hacían o se consideraba que la información suministrada era insuficiente se los procesaría.
Desde el punto de vista práctico, eso despojaba a la JEP de su propósito de impartir una justicia selectiva para convertirla en un ente encargado de investigar, caso a caso, todos los delitos cometidos por la totalidad de quienes desde las FARC y la Fuerza Pública tomaron parte en el conflicto armado. Esta forma de proceder dio lugar a reclamos de los guerrilleros que ya se habían desmovilizado y estaban en fase de reinserción, porque sintieron que los habían engañado al decirles que solo serían llamados por la justicia los máximos responsables.
La Corte Constitucional ha decidido que esas reglas dispuestas por la Sección de Apelaciones son inexequibles al entrar en contradicción con las normas que establecieron la estructura y las funciones de la JEP. Lo que bajo la aparentemente inocua denominación de sentencias interpretativas se hizo, fue suplantar al legislador modificando el procedimiento establecido para las diversas categorías de destinatarios de esa jurisdicción. Esta decisión, lejos de perjudicar a la JEP, será de gran ayuda para ella porque le va a permitir centrar sus esfuerzos en los máximos responsables de los crímenes más graves y representativos, que fue para lo que se la creó.
