Así va la vigilancia genómica de Colombia con el coronavirus

A la fecha, Colombia ha realizado 218 secuencias genómicas del coronavirus y se han identificado cerca de 24 variantes que hoy por hoy circulan en el país y, aunque desde 2016 Colombia ha realizado estudios genómicos de otros virus como el zika, desde hace varios meses con la llegada de la pandemia se prendieron las alarmas de la necesidad de continuar con este tipo de investigaciones. Un tema que además se disparó, en los medios de comunicación, con la preocupación de la llegada de la variante B.1.1.7 proveniente del Reino Unido, que es hasta un 70 % más contagiosa.

“La detección del linaje emergente del SARS-CoV-2 en el Reino Unido muestra la necesidad de invertir en la vigilancia genómica del virus en Colombia, seguimos generando secuencias desde la Universidad del Rosario y el Instituto Nacional de Salud, pero necesitamos más financiación”, señaló Juan David Ramírez, director del Centro de Investigaciones en Microbiología y Biotecnología de la Universidad del Rosario a través de su cuenta de Twitter en los primeros días de diciembre.

Lo cierto, es que el Instituto Nacional de Salud venía desde meses atrás gestionando los recursos para poder reforzar el ejercicio de secuencia genómica que empezaron desde marzo cuando fueron los primeros en reportar una variante única de Colombia. “La vigilancia genómica como es tan costosa se hacia en Colombia desde el 2016 de manera regular pero en una pequeño volumen. Cuando inició la pandemia de Covid-19, sabíamos que era muy importante reforzar la vigilancia genómica. Fue así como en marzo empezamos a hacer secuenciación y trajimos aliados como una persona de Brasil y también nos ayudó mucho el Instituto Humboldt”, dijo a El Espectador la directora del INS Martha Ospina.

Tras la gestión de meses y luego de presentar una primera solicitud detalla en el mes de diciembre, hace unos días el Instituto Nacional de Salud recibió luz verde de parte del Gobierno Nacional para poner en marcha la idea de reforzar la vigilancia genómica en el país. El monto aprobado fueron $14.000 millones distribuidos en 15 laboratorios, incluyendo el del INS, que tienen la capacidad de realizar este tipo de estudios y que además pertenecen a la Red Ampliada de Diagnóstico para SARS-CoV-2. Entre ellos están el laboratorio de la Universidad Nacional de Medellín, el de la Universidad Tecnológica de Pereira, la Universidad Nacional de Colombia, la Universidad de los Andes, la Universidad del Rosario y el del Instituto Humboldt.

La Red Ampliada de Diagnóstico para SARS-CoV-2 tiene un total, entre públicos y privados, de 154 laboratorios, pero de estos solo 14 pueden realizar secuenciación genómica. ¿La razón? Según explicó Juan David Ramírez, es la complejidad del proceso. “Para hacer secuenciación además de tener el equipo, hay que contar con personal capacitado, porque son unos análisis computacionales complejos. No muchos laboratorios tienen esa capacidad. Por eso se escogieron solo 14 que ya han hecho secuenciación de genoma no solo para este virus, sino que han mostrado experiencia en secuenciación y análisis de genomas de otras enfermedades, animales o incluso plantas”, aseguró.

Julián Villabona-Arenas, virólogo colombiano radicado en el Reino Unido, tal vez el país con la mejor vigilancia de secuenciación genómica del mundo, que cuenta con una red de más de 100 laboratorios a cargo de esta labor, advirtió que otros de los inconvenientes para que países como Colombia realicen estos estudios es el acceso a los insumos. “Otras limitaciones son el costo y la necesidad de importar los productos para el secuenciamiento. Las grandes compañías que los ofrecen son de Estados Unidos y Reino Unido”. Sin embargo, agregó, cuando la secuenciación masiva a gran escala se vuelve rutinaria es evidente “el costo-beneficio” que trae para el país.

Con la inversión que el Gobierno realizará en esta tarea se espera pasar de una capacidad de 380 genomas secuenciados cada 10 días a cerca de 1.000 en el mismo período. Esto, según explicó Martha Ospina, directora del Instituto Nacional de Salud, representaría el 1 % de las pruebas positivas para SARS-CoV-2 en Colombia. Un resultado significativamente menor en comparación con el 10 y 15 % de pruebas que secuencian países europeos.

“Algunos dicen que deberíamos hacer como los países europeos y no, esta es nuestra capacidad real y es una capacidad muy buena. Con ese 1 % nos convertiremos en el segundo país con más estudios genómicos en Latinoamérica, después de Brasil”.

Julián Villabona-Arenas, quien además está vinculado a la Escuela de Higiene y Medicina Tropical de Londres, coincidió con esta idea, y agregó que no se trata de la cantidad, sino de la capacidad de representatividad de las pruebas en el territorio nacional que se secuencien. “Lo importante es que la muestra sea representativa, puede ser menor al 1 %, porque muchas veces no es el número, sino de dónde vienen las diferentes muestras. Si por ejemplo se espera ver que una variante sea la responsable del aumento de casos y se está propagando, un muestreo aleatorio, pero representativo, de muchas localidades debería identificar dicha variante”, señaló a El Espectador.

La vigilancia epidemiológica, testeos con PCR, seguimiento y rastreo de casos, los estudios genómicos del coronavirus y las medidas individuales de cuidado que los ciudadanos deben tomar son la estrategia contra el virus que ya ha dejado más de un millón de infectados en el país. Recursos que se se han destinado con esfuerzo, en un país como Colombia, en medio de una emergencia sanitaria sin precedentes en la historia. “Solamente en el marco de la emergencia sanitaria en el país se crean condiciones especiales para conseguir recursos nacionales y utilizarlos en una red de públicos y privados, y si no existiera esa circunstancia especial de una emergencia en salud pública, sería muy difícil tener recursos del Estado para ser distribuidos”, concluyó el Instituto.

A la fecha, Colombia ha realizado 218 secuencias genómicas del coronavirus y se han identificado cerca de 24 variantes que hoy por hoy circulan en el país y, aunque desde 2016 Colombia ha realizado estudios genómicos de otros virus como el zika, desde hace varios meses con la llegada de la pandemia se prendieron las alarmas de la necesidad de continuar con este tipo de investigaciones. Un tema que además se disparó, en los medios de comunicación, con la preocupación de la llegada de la variante B.1.1.7 proveniente del Reino Unido, que es hasta un 70 % más contagiosa.

“La detección del linaje emergente del SARS-CoV-2 en el Reino Unido muestra la necesidad de invertir en la vigilancia genómica del virus en Colombia, seguimos generando secuencias desde la Universidad del Rosario y el Instituto Nacional de Salud, pero necesitamos más financiación”, señaló Juan David Ramírez, director del Centro de Investigaciones en Microbiología y Biotecnología de la Universidad del Rosario a través de su cuenta de Twitter en los primeros días de diciembre.

Lo cierto, es que el Instituto Nacional de Salud venía desde meses atrás gestionando los recursos para poder reforzar el ejercicio de secuencia genómica que empezaron desde marzo cuando fueron los primeros en reportar una variante única de Colombia. “La vigilancia genómica como es tan costosa se hacia en Colombia desde el 2016 de manera regular pero en una pequeño volumen. Cuando inició la pandemia de Covid-19, sabíamos que era muy importante reforzar la vigilancia genómica. Fue así como en marzo empezamos a hacer secuenciación y trajimos aliados como una persona de Brasil y también nos ayudó mucho el Instituto Humboldt”, dijo a El Espectador la directora del INS Martha Ospina.

Tras la gestión de meses y luego de presentar una primera solicitud detalla en el mes de diciembre, hace unos días el Instituto Nacional de Salud recibió luz verde de parte del Gobierno Nacional para poner en marcha la idea de reforzar la vigilancia genómica en el país. El monto aprobado fueron $14.000 millones distribuidos en 15 laboratorios, incluyendo el del INS, que tienen la capacidad de realizar este tipo de estudios y que además pertenecen a la Red Ampliada de Diagnóstico para SARS-CoV-2. Entre ellos están el laboratorio de la Universidad Nacional de Medellín, el de la Universidad Tecnológica de Pereira, la Universidad Nacional de Colombia, la Universidad de los Andes, la Universidad del Rosario y el del Instituto Humboldt.

La Red Ampliada de Diagnóstico para SARS-CoV-2 tiene un total, entre públicos y privados, de 154 laboratorios, pero de estos solo 14 pueden realizar secuenciación genómica. ¿La razón? Según explicó Juan David Ramírez, es la complejidad del proceso. “Para hacer secuenciación además de tener el equipo, hay que contar con personal capacitado, porque son unos análisis computacionales complejos. No muchos laboratorios tienen esa capacidad. Por eso se escogieron solo 14 que ya han hecho secuenciación de genoma no solo para este virus, sino que han mostrado experiencia en secuenciación y análisis de genomas de otras enfermedades, animales o incluso plantas”, aseguró.

Julián Villabona-Arenas, virólogo colombiano radicado en el Reino Unido, tal vez el país con la mejor vigilancia de secuenciación genómica del mundo, que cuenta con una red de más de 100 laboratorios a cargo de esta labor, advirtió que otros de los inconvenientes para que países como Colombia realicen estos estudios es el acceso a los insumos. “Otras limitaciones son el costo y la necesidad de importar los productos para el secuenciamiento. Las grandes compañías que los ofrecen son de Estados Unidos y Reino Unido”. Sin embargo, agregó, cuando la secuenciación masiva a gran escala se vuelve rutinaria es evidente “el costo-beneficio” que trae para el país.

Con la inversión que el Gobierno realizará en esta tarea se espera pasar de una capacidad de 380 genomas secuenciados cada 10 días a cerca de 1.000 en el mismo período. Esto, según explicó Martha Ospina, directora del Instituto Nacional de Salud, representaría el 1 % de las pruebas positivas para SARS-CoV-2 en Colombia. Un resultado significativamente menor en comparación con el 10 y 15 % de pruebas que secuencian países europeos.

“Algunos dicen que deberíamos hacer como los países europeos y no, esta es nuestra capacidad real y es una capacidad muy buena. Con ese 1 % nos convertiremos en el segundo país con más estudios genómicos en Latinoamérica, después de Brasil”.

Julián Villabona-Arenas, quien además está vinculado a la Escuela de Higiene y Medicina Tropical de Londres, coincidió con esta idea, y agregó que no se trata de la cantidad, sino de la capacidad de representatividad de las pruebas en el territorio nacional que se secuencien. “Lo importante es que la muestra sea representativa, puede ser menor al 1 %, porque muchas veces no es el número, sino de dónde vienen las diferentes muestras. Si por ejemplo se espera ver que una variante sea la responsable del aumento de casos y se está propagando, un muestreo aleatorio, pero representativo, de muchas localidades debería identificar dicha variante”, señaló a El Espectador.

La vigilancia epidemiológica, testeos con PCR, seguimiento y rastreo de casos, los estudios genómicos del coronavirus y las medidas individuales de cuidado que los ciudadanos deben tomar son la estrategia contra el virus que ya ha dejado más de un millón de infectados en el país. Recursos que se se han destinado con esfuerzo, en un país como Colombia, en medio de una emergencia sanitaria sin precedentes en la historia. “Solamente en el marco de la emergencia sanitaria en el país se crean condiciones especiales para conseguir recursos nacionales y utilizarlos en una red de públicos y privados, y si no existiera esa circunstancia especial de una emergencia en salud pública, sería muy difícil tener recursos del Estado para ser distribuidos”, concluyó el Instituto.