“Con el coronavirus se ha cambiado esa cultura del egoísmo científico”

Se han hecho 155 secuencias que confirmaron que al país llegaron 11 de los 81 linajes del virus. ¿Mutó aquí? Todo en virtud de un movimiento de datos abiertos sin precedentes en la historia de la ciencia. Juan David Ramírez, microbiólogo de la U. del Rosario, explica.

Juliana Jaimes / @Julsjaimes
19 de junio de 2020 - 02:00 a. m.
Representación de los 2.864 genomas de SARS-COV-2 secuenciados hasta la fecha.
Representación de los 2.864 genomas de SARS-COV-2 secuenciados hasta la fecha.
Foto: GISAID.ORG

El pasado 31 de diciembre, la Comisión Municipal de Salud de Wuhan identificó un nuevo coronavirus causante de la infección respiratoria de 41 personas en esa ciudad. Tan solo pasaron 11 días para que China sacara a la luz pública la primera secuencia genética del SARS-CoV-2 y en cuestión de horas varios investigadores ya tenían en su poder la información genética del virus. Datos claves para poder comparar lo que estaba sucediendo con brotes anteriores, como el SARS y el MERS, pero sobre todo para poder crear pruebas diagnósticas que permitieran detectar personas con COVID-19 y así dimensionar el potencial de lo que venía. Casi que, por inercia, se promovió una corriente de datos abiertos sin precedentes en la historia de la ciencia.

Han pasado seis meses desde que se reportó el primer caso de COVID-19, y hoy por hoy ya se pueden encontrar más de 45 mil secuencias del virus realizadas en todo el mundo, número que sigue aumentando todos los días. Estos datos, que permiten comprender la evolución, la mutación y la cronogenética del virus en tiempo real del brote, se encuentran abiertos en bancos de datos como Gisaid, Nexstrain y NCB. Y aunque estas bases de información no son nuevas, allí también se alberga información de otros virus como el zika o la influenza. Una carrera contra el tiempo de la comunidad científica que ha contado con un valor obligado: la cooperación.

Colombia liberó su primera secuencia del genoma el 29 de marzo, 21 días después de haberse reportado el primer caso. Desde entonces se han hecho más de 155 secuencias que ya forman parte de las bases de datos mundiales. “Con los resultados de secuenciación, el país se articula en una iniciativa global para aportar datos genómicos del SARS-CoV-2, lo cual tiene una aplicación inmediata en la reconstrucción de la historia de la transmisión, procedencia de las cepas, cambios en el genoma y descripción de dinámicas de dispersión mundial. Además, la información genómica permite realizar análisis de variabilidad genética y evolución viral”, le señaló el equipo de investigación del Instituto Nacional de Salud a El Espectador.

Estos datos les han permitido a los investigadores hacer seguimiento de las cadenas de transmisión que ya dejaron más de 50 mil infectados en Colombia. Incluso, hace unas semanas, la Universidad del Rosario, una de las instituciones educativas que a la par con el INS está secuenciando el genoma del virus, publicó sus primeros hallazgos en los que determinó que el SARS-CoV-2 habría llegado a Colombia el 17 de febrero, 20 días antes de que se reportara el primer contagio de manera oficial. Y logró identificar que de los 81 linajes o “familias” del virus que se han descubierto en el mundo, 11 circulan en el país y una de ellas solo se ha encontrado aquí. “Esto genera dos interrogantes: si el virus mutó en Colombia o si esta variación ya había ocurrido afuera, pero no había sido previamente reportada”, señaló Juan David Ramírez, director del laboratorio de microbiología del Rosario.

Ramírez recalcó que las mutaciones, lejos de representar un aumento en la letalidad del virus, son un comportamiento normal en los organismos. “Todos tienen un material genético de ADN y ARN que está compuesto principalmente de cuatro letras y el orden de esas letras son las que determinan lo que se conoce como la información genética. Si hay una variación de 1,5 letras en ese genoma, se podría determinar que es una nueva cepa. Sin embargo, aún no hay estudios concluyentes de que un linaje pueda ser más agresivo que otro”.

Los investigadores de la Universidad del Rosario han hecho 88 de las 155 secuenciaciones que se han reportado en los bancos de datos mundiales basados en casos positivos recolectados en 16 departamentos del país. Actualmente están analizando datos del Amazonas, San Andrés, Norte de Santander, Vaupés y Meta, lugares de los que no tenían información, porque los principales reportes se enfocaron en Antioquia, Cundinamarca y Valle del Cauca. Hasta el momento se sabe que el país ha tenido múltiples introducciones del virus, no solo de origen europeo, en su momento el foco de la pandemia, sino también de Estados Unidos y de lugares en Latinoamérica como México y Chile. La institución espera publicar en las próximas semanas 180 secuencias más.

Colombia es el tercer país de Latinoamérica con más secuencias genéticas depositadas en las bases de datos globales. “A nivel regional creo que estamos bien, estamos muy cerca de Chile y ha sido interesante ver cómo en el país con el coronavirus se ha cambiado esa cultura del egoísmo científico”, agregó Ramírez. Sin embargo, 155 secuenciaciones no es aún un número significativo para vislumbrar el panorama general del virus en el país. “Es necesario obtener más secuencias para tener estimaciones más exactas. En Estados Unidos han secuenciado 1.500 muestras y ellos tienen datos de distintas fechas con 1.500 genomas. Nosotros solo tenemos 155 y estamos generando los primeros cálculos. Esperamos poder tener al menos unas 1.000 secuencias para dar datos más acertados”, agregó el microbiólogo.

Para el Instituto Nacional de Salud también es claro que el trabajo realizado muestra un panorama, hasta ahora inicial, de la cronogenética del virus en el país. “Es necesario continuar con la vigilancia genómica durante la pandemia. El movimiento de ciencia abierta es una gran opción para que toda la comunidad científica y no científica acceda a datos para tomar decisiones a nivel epidemiológico y de impacto en la salud pública del país”, apuntó la institución.

El fenómeno de datos abiertos

El movimiento de ciencia abierta no es un fenómeno que surgió por esta pandemia. De hecho, uno de los ejemplos más claros es conocido como el Proyecto Genoma Humano: un experimento de investigación científica que tenía como objetivo determinar la secuencia del genoma de los seres humanos. En 1953, el británico Francis Crick y el estadounidense James Watson publicaron en la revista Nature un artículo sobre la estructura del ADN, un estudio que se convirtió en la piedra angular de los procesos de secuenciación genómica que se verían en el futuro.

Fue hasta 1994, con la inversión de US$3.000 millones de Estados Unidos, a la cabeza de Bill Clinton, que se pudo obtener el primer mapa genético del ser humano. Los datos siguieron ampliándose, y para 1999 se obtuvo la secuencia completa del primer cromosoma: el número 22. En 2000 estuvo listo el primer borrador de la secuencia completa, que salió a la luz el 26 de junio. En el Proyecto Genoma Humano participaron 20 centros de investigación de más de seis países.

Aunque este movimiento surgió dos décadas atrás, las amplificaciones de estas prácticas durante la pandemia cambiaron el rumbo del virus al abrir el acceso de la información. “Creo que a nivel nacional se ha fortalecido mucho la colaboración interinstitucional. Aquí existen grupos de investigación muy robustos, pero normalmente trabajan solos, y creo que esta coyuntura ha unido muchos grupos para trabajar en equipo. Es una corriente que ya existía, pero que pocos aplicaban. Con el coronavirus todo cambió”, cerró Juan David Ramírez.

Por Juliana Jaimes / @Julsjaimes

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