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¿Cuánto tiempo hay para radicar una incapacidad ante la EPS y cuándo prescribe?

Cada vez que un trabajador se enferma y necesita una incapacidad médica, el proceso para que la EPS la reconozca y pague puede generar dudas, demoras y reclamos. ¿Cuánto tiempo hay para radicarla? ¿Qué pasa si se vence el plazo? ¿Y hasta cuándo puede el empleador pedir el reembolso?

Redacción Salud

08 de octubre de 2025 - 05:02 p. m.
Imagen de referencia. Para los casos en que la incapacidad fue expedida por un médico fuera de la red de la EPS, hay reglas especiales.
Foto: Alcaldía de Bogotá
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En Colombia, las incapacidades laborales por enfermedad general, accidente o tratamiento médico, hacen parte de las prestaciones económicas que administran las EPS. Sin embargo, no basta con que el médico expida el certificado: el reconocimiento del pago requiere cumplir con ciertos procedimientos y plazos que están definidos por el Ministerio de Salud y otras entidades del sistema.

La falta de claridad en estos tiempos suele causar problemas entre empleados, empleadores y EPS. Por eso, el Gobierno actualizó la reglamentación a través del Decreto 1427 de 2022, que fija límites precisos tanto para quienes deben radicar las incapacidades como para las entidades que las pagan.

Para que lo comprenda mucho mejor, desde que el afiliado entrega todos los documentos (certificado médico, historial clínico si es internación, epicrisis, etc.), la EPS debe decidir en un plazo máximo de 20 días hábiles (15 + 5) si reconoce y paga la incapacidad. Si no cumple, debe reconocer intereses moratorios.

Para los casos en que la incapacidad fue expedida por un médico fuera de la red de la EPS, hay reglas especiales. El Decreto estipula que el afiliado debe radicar la solicitud de validación ante la EPS dentro de 15 días hábiles desde la emisión del certificado. Si la EPS no lo valida o decide evaluarlo, tiene un plazo adicional para validación y actúa con los mismos tiempos de liquidación y pago.

¿Y la prescripción?

En materia de reembolso de incapacidades (cuando el empleador adelantó el pago al trabajador y luego recorre a la EPS), las normas vigentes indican que el derecho prescribe en tres años, contados desde la fecha en que el empleador hizo el pago correspondiente al trabajador.

Ese plazo de tres años es explícito en el Concepto Jurídico 079881 de 2023, emitido por la Dirección Jurídica de Función Pública, que precisa que las EPS cuentan con 15 días hábiles para liquidar la incapacidad y cinco adicionalmente para pagar, pero que el derecho del empleador para reclamar el reembolso no puede exceder los tres años.

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Eso significa que aún si la incapacidad es antigua, y no fue reclamada de inmediato, mientras no haya pasado ese lapso de tres años tras el pago del empleador, podría ser válido el reconocimiento del reembolso.

Retroactividad y excepciones

Una mención importante: el sistema jurídico colombiano prohíbe que las incapacidades de origen común se expidan con vigencia retroactiva en casos ambulatorios, salvo ciertas excepciones (como trastornos de memoria, confusión mental u otros factores que impiden el reconocimiento inmediato).

El Decreto 1427 contempla esa limitación: solo se permiten retroactividades dentro de los 30 días siguientes en eventos excepcionales, pero no para consultas regulares sin justificación médica evidente.

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