El complejo proceso detrás de las pruebas de COVID-19

Esta semana ha sido apasionante para las 14 personas que están en el Laboratorio de Microbiología de la Universidad del Rosario. Después de más de 20 días de trámites y capacitaciones, el martes hicieron las primeras pruebas para diagnosticar COVID-19. Analizaron 57 muestras. El miéroles, otras 100 y, si todo marcha como lo esperan, este jueves recibirán 150 del Instituto Nacional de Salud (INS). El profesor Juan David Ramírez, que ha estado al frente del proceso, recibió, además, otra buena noticia. La universidad desembolsó más recursos para comprar insumos y así duplicar el número de test que tenían planeados. Ahora, dice, podrán hacer seis mil. (Esta es la situación del coronavirus en Colombia en tiempo real)

Aunque varias universidades han puesto a disposición sus laboratorios para hacer pruebas, hasta el momento solo la U. del Rosario ha recibido, formalmente, la autorización técnica del INS. Junto a ella, hoy hay otros cuatro laboratorios que hacen diagnósticos día tras día: el de Bogotá, el de Valle, el de Antioquia y, claro, el del INS. Entre todos, ayer habían realizado 19.811 (es decir, alrededor de 396 pruebas por cada millón de habitantes). De esas, 1.065 han resultado positivas.

Los esfuerzos por incrementar esa capacidad de hacer diagnósticos, poco a poco, han ido creciendo. En este momento hay unas 40 instituciones a la espera de la autorización del INS. Aún es difícil saber cuándo podrán empezar y cuál es el número de diagnósticos que pueden realizar, pero todas quieren ayudar a cumplir la recomendación que hace unos días dio Tedros Adhanom, director de la Organización Mundial de la Salud: “Tenemos un mensaje muy simple para todos los países: hagan pruebas, pruebas, pruebas”, dijo. “No podemos ir a ciegas. No podemos luchar contra esta pandemia si no sabemos quién está infectado”. (Lea Hospitales de Colombia: preparándose para un enemigo casi de ciencia ficción)

El mensaje de Adhanom también indicaba algo esencial: “Si alguien da positivo hay que averiguar con quién ha estado en contacto” para “ayudar a romper la cadena de contagios”. La estrategia de vigilancia había dado resultado en Corea del Sur un país que, como lo muestra el portal Our World in Data, de la Universidad de Oxford, ha hecho 410.564 pruebas (más de 7.900 por cada millón de habitantes). Por el contrario, Estados Unidos e Italia, que también tienen un alto registro de test (3.344 y 8.573 por millón de personas), han tenido dificultades por otros motivos. En el primero hay más de 200 mil casos de COVID-19. En el segundo, cerca de 110 mil y 13.155 muertos.

También es cierto que, como escribió el portal Razón Pública el médico Pablo Martínez, "no todos los países cuentan con la misma tecnología de China o Corea del Sur". Tampoco con las mismas capacidades ni los mismos contextos. En el caso de Colombia, señalaba, el uso de esos mecanismos "deberán ir de la mano de una toma de decisiones con alcance variable".

Saber a qué velocidad podrá incrementar Colombia el número de diagnósticos es imposible. A medida que se sumen más laboratorios la identificación de casos continuará creciendo, pero deberán superar algunos tropiezos que han aparecido en el camino. Una es el desabastecimiento de los reactivos para hacer las pruebas. Como cuenta Érika Ospitia, bacterióloga y epidemióloga del INS, es un apuro que ha aparecido sobre la marcha. El mejor ejemplo es la enzima necesaria para identificar el virus que, con el paso de las semanas, ha empezado a escasear. El equipo de la U. del Rosario también se encontró con ese obstáculo y ha tenido que recurrir otras marcas en el mercado internacional.

Otra de las dificultades las enumeró la Procuraduría hace unos días. En un breve informe, advirtió que las secretarías de Salud departamentales, que son las que deben enviar las muestras al INS luego de recibirlas de los hospitales y EPS, están teniendo serias fallas. “El INS informó que, aproximadamente, el 80 % de las muestras tomadas por las IPS de todo el país llegan mal marcadas, mal rotuladas e ilegibles", señaló. En otro apartado era claro: "Algunas muestras que llegan al INS no cumplen con las definiciones correctas del caso o presentan embalajes inadecuados”. Además, decía, “las secretarías no validan ni realizan el proceso de verificación de las muestras que reciben de las IPS, y así son remitidas al INS”.

Un largo proceso 

Érika Ospitia lleva 5 años trabajando en el INS. Estas semanas, cuenta, han sido las más intensas desde que está en el laboratorio de virología. El equipo de 40 personas con el que ahora comparte sus rutinas de lunes a domingo analiza muestras provenientes de todos los departamentos. No tiene el cálculo exacto, pero intuye que son mil cada día. “Recibimos muestras todo el tiempo. Día y noche, día y noche”.

Ospitia prefiere ser prudente al mencionar las dificultades que han ido apareciendo desde que el SARS-COV-2, como llaman en lenguaje técnico al nuevo coronavirus, llegó en Colombia. Cree, sin embargo, que el fallo que mencionó la Procuraduría en su informe debe corregirse pronto. “Es vital que las muestras lleguen en buen estado”, reitera. “A veces llegan abiertas, mal rotuladas o sin documentación completa. Los técnicos gastan mucho tiempo verificando algo que debería estar en perfectas condiciones”. En el desembalaje, esa primera fase del proceso, hay 13 personas que pasan buena parte del día con esos trajes enormes que recuerdan a los astronautas. “Traje Tyvek” es como los conocen en el argot médico.

Luego de que ellos maniobran y corrigen los errores de los hospitales, de las EPS y de las secretarías de Salud, empieza una compleja cadena que Ospitia conoce de memoria. Saltándonos varias precisiones técnicas, tras tener las muestras ordenadas, biólogos y microbiólogos las organizan en una placa del tamaño de una mano y la llevan a un artefacto clave: el extractor de ácidos nucleicos, que  la semana pasada tuvo un fallo que redujo por unos días la capacidad de hacer pruebas en Colombia.

Una vez el extractor detecta ese RNA, es decir, el material genético, mezclan las muestras con una serie de reactivos (entre esos, lla enzima de la que hay desabastecimiento) para llevarlas a otro aparato tan grande como un torso y con un nombre imposible de recordar: el termociclador. Allí es donde se hacen las llamadas pruebas PCR, que traducen reacción en cadena de la polimerasa.

“En esa prueba molecular”, explica Ospitia, “le apuntamos a identificar un gen del material genético del virus: el gen E”. Si el computador demuestra su presencia, los técnicos vuelven a introducir otra placa con las muestras positivas para confirmar que se trata en realidad del nuevo coronavirus. Lo hacen buscando esta vez otro gen: el RdRp. Si el resultado, de nuevo, es positivo, el último paso es anunciarle a las secretarías de Salud cuáles son los pacientes infectados. Pero en ese eslabón, dijo la Procuraduría, también parece haber algo por fortalecer: “Hay demoras en la socialización del resultado por parte de las entidades territoriales a las EPS y la consulta médica se dilata”.

* Estamos cubriendo de manera responsable esta pandemia, parte de eso es dejar sin restricción todos los contenidos sobre el tema que puedes consultar en el especial sobre Coronavirus. 

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Esta semana ha sido apasionante para las 14 personas que están en el Laboratorio de Microbiología de la Universidad del Rosario. Después de más de 20 días de trámites y capacitaciones, el martes hicieron las primeras pruebas para diagnosticar COVID-19. Analizaron 57 muestras. El miéroles, otras 100 y, si todo marcha como lo esperan, este jueves recibirán 150 del Instituto Nacional de Salud (INS). El profesor Juan David Ramírez, que ha estado al frente del proceso, recibió, además, otra buena noticia. La universidad desembolsó más recursos para comprar insumos y así duplicar el número de test que tenían planeados. Ahora, dice, podrán hacer seis mil. (Esta es la situación del coronavirus en Colombia en tiempo real)

Aunque varias universidades han puesto a disposición sus laboratorios para hacer pruebas, hasta el momento solo la U. del Rosario ha recibido, formalmente, la autorización técnica del INS. Junto a ella, hoy hay otros cuatro laboratorios que hacen diagnósticos día tras día: el de Bogotá, el de Valle, el de Antioquia y, claro, el del INS. Entre todos, ayer habían realizado 19.811 (es decir, alrededor de 396 pruebas por cada millón de habitantes). De esas, 1.065 han resultado positivas.

Los esfuerzos por incrementar esa capacidad de hacer diagnósticos, poco a poco, han ido creciendo. En este momento hay unas 40 instituciones a la espera de la autorización del INS. Aún es difícil saber cuándo podrán empezar y cuál es el número de diagnósticos que pueden realizar, pero todas quieren ayudar a cumplir la recomendación que hace unos días dio Tedros Adhanom, director de la Organización Mundial de la Salud: “Tenemos un mensaje muy simple para todos los países: hagan pruebas, pruebas, pruebas”, dijo. “No podemos ir a ciegas. No podemos luchar contra esta pandemia si no sabemos quién está infectado”. (Lea Hospitales de Colombia: preparándose para un enemigo casi de ciencia ficción)

El mensaje de Adhanom también indicaba algo esencial: “Si alguien da positivo hay que averiguar con quién ha estado en contacto” para “ayudar a romper la cadena de contagios”. La estrategia de vigilancia había dado resultado en Corea del Sur un país que, como lo muestra el portal Our World in Data, de la Universidad de Oxford, ha hecho 410.564 pruebas (más de 7.900 por cada millón de habitantes). Por el contrario, Estados Unidos e Italia, que también tienen un alto registro de test (3.344 y 8.573 por millón de personas), han tenido dificultades por otros motivos. En el primero hay más de 200 mil casos de COVID-19. En el segundo, cerca de 110 mil y 13.155 muertos.

También es cierto que, como escribió el portal Razón Pública el médico Pablo Martínez, "no todos los países cuentan con la misma tecnología de China o Corea del Sur". Tampoco con las mismas capacidades ni los mismos contextos. En el caso de Colombia, señalaba, el uso de esos mecanismos "deberán ir de la mano de una toma de decisiones con alcance variable".

Saber a qué velocidad podrá incrementar Colombia el número de diagnósticos es imposible. A medida que se sumen más laboratorios la identificación de casos continuará creciendo, pero deberán superar algunos tropiezos que han aparecido en el camino. Una es el desabastecimiento de los reactivos para hacer las pruebas. Como cuenta Érika Ospitia, bacterióloga y epidemióloga del INS, es un apuro que ha aparecido sobre la marcha. El mejor ejemplo es la enzima necesaria para identificar el virus que, con el paso de las semanas, ha empezado a escasear. El equipo de la U. del Rosario también se encontró con ese obstáculo y ha tenido que recurrir otras marcas en el mercado internacional.

Otra de las dificultades las enumeró la Procuraduría hace unos días. En un breve informe, advirtió que las secretarías de Salud departamentales, que son las que deben enviar las muestras al INS luego de recibirlas de los hospitales y EPS, están teniendo serias fallas. “El INS informó que, aproximadamente, el 80 % de las muestras tomadas por las IPS de todo el país llegan mal marcadas, mal rotuladas e ilegibles", señaló. En otro apartado era claro: "Algunas muestras que llegan al INS no cumplen con las definiciones correctas del caso o presentan embalajes inadecuados”. Además, decía, “las secretarías no validan ni realizan el proceso de verificación de las muestras que reciben de las IPS, y así son remitidas al INS”.

Un largo proceso 

Érika Ospitia lleva 5 años trabajando en el INS. Estas semanas, cuenta, han sido las más intensas desde que está en el laboratorio de virología. El equipo de 40 personas con el que ahora comparte sus rutinas de lunes a domingo analiza muestras provenientes de todos los departamentos. No tiene el cálculo exacto, pero intuye que son mil cada día. “Recibimos muestras todo el tiempo. Día y noche, día y noche”.

Ospitia prefiere ser prudente al mencionar las dificultades que han ido apareciendo desde que el SARS-COV-2, como llaman en lenguaje técnico al nuevo coronavirus, llegó en Colombia. Cree, sin embargo, que el fallo que mencionó la Procuraduría en su informe debe corregirse pronto. “Es vital que las muestras lleguen en buen estado”, reitera. “A veces llegan abiertas, mal rotuladas o sin documentación completa. Los técnicos gastan mucho tiempo verificando algo que debería estar en perfectas condiciones”. En el desembalaje, esa primera fase del proceso, hay 13 personas que pasan buena parte del día con esos trajes enormes que recuerdan a los astronautas. “Traje Tyvek” es como los conocen en el argot médico.

Luego de que ellos maniobran y corrigen los errores de los hospitales, de las EPS y de las secretarías de Salud, empieza una compleja cadena que Ospitia conoce de memoria. Saltándonos varias precisiones técnicas, tras tener las muestras ordenadas, biólogos y microbiólogos las organizan en una placa del tamaño de una mano y la llevan a un artefacto clave: el extractor de ácidos nucleicos, que  la semana pasada tuvo un fallo que redujo por unos días la capacidad de hacer pruebas en Colombia.

Una vez el extractor detecta ese RNA, es decir, el material genético, mezclan las muestras con una serie de reactivos (entre esos, lla enzima de la que hay desabastecimiento) para llevarlas a otro aparato tan grande como un torso y con un nombre imposible de recordar: el termociclador. Allí es donde se hacen las llamadas pruebas PCR, que traducen reacción en cadena de la polimerasa.

“En esa prueba molecular”, explica Ospitia, “le apuntamos a identificar un gen del material genético del virus: el gen E”. Si el computador demuestra su presencia, los técnicos vuelven a introducir otra placa con las muestras positivas para confirmar que se trata en realidad del nuevo coronavirus. Lo hacen buscando esta vez otro gen: el RdRp. Si el resultado, de nuevo, es positivo, el último paso es anunciarle a las secretarías de Salud cuáles son los pacientes infectados. Pero en ese eslabón, dijo la Procuraduría, también parece haber algo por fortalecer: “Hay demoras en la socialización del resultado por parte de las entidades territoriales a las EPS y la consulta médica se dilata”.

* Estamos cubriendo de manera responsable esta pandemia, parte de eso es dejar sin restricción todos los contenidos sobre el tema que puedes consultar en el especial sobre Coronavirus. 

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