La ciencia abierta contra un nuevo virus

Como muchos, estoy fascinada y algo preocupada por lo que la ciencia abierta nos ha permitido entender en tan solo 20 días acerca de un nuevo coronavirus con potenciales implicaciones mundiales.

El 31 de diciembre de 2019 fue identificado un coronavirus nuevo (#2019nCov) como causante de infección respiratoria en 41 personas en la ciudad de Wuhan (China). Estas personas habían visitado en días previos un mercado específico. Dado esto, el mercado fue cerrado el 1.º de enero de 2020.

Durante la primera semana de enero no se presentaron nuevas infecciones, lo cual llevó a pensar inicialmente que la fuente del virus era algo (desconocido) localizado en el mercado. Y que era poco probable la transmisión humano-humano, que es la determinante de una potencial expansión a grandes poblaciones.

Entretanto, investigadores locales lograron secuenciar el virus #2019nCov en tiempo récord. Y más importante aún, el 11 de enero los investigadores y el gobierno chino liberaron las secuencias genéticas del virus al público para que cualquier persona las pudiera analizar. Esto permitió que en tan solo un día varios investigadores de otras partes del mundo ya tuvieran análisis filogenéticos (el árbol genealógico del virus) concluyentes.

Se logró establecer que #2019nCov es genéticamente similar a otros dos coronavirus ya conocidos, pero diferentes: SARS y MERS. Saber esto es importante para dimensionar potenciales implicaciones. Por ejemplo, el virus SARS afectó 26 países en 2003, provocó 8.000 casos y la mortalidad fue cercana al 10 %. En 2012, el MERS, que se transmite de animales a humanos, tenía una mortalidad del 35 %, pero el 80 % de casos se han circunscrito a Arabia Saudita.

Tener las secuencias genéticas también permitió desarrollar rápidamente las pruebas diagnósticas para detectar casos y así empezar barridos de personas sintomáticas en aeropuertos internacionales de Asia con vuelos provenientes de Wuhan.

El 12 de enero se detectó el primer caso fuera de China. Se trataba de una persona que viajó desde Wuhan a Tailandia. Aquí lo importante es que esta persona no había visitado el mercado implicado inicialmente. Esto sugiere potencialmente una fuente de transmisión humano-humano.

Simultáneamente, otro grupo de investigadores analizó rápidamente las frecuencias de tráfico aéreo internacional desde Wuhan y estimó el potencial riesgo de transmisión en Asia. El 14 de enero publicaron su artículo, bajo un esquema de revisión de pares en tan solo dos días.

El 16 de enero se reportó un caso nuevo en Japón, de un viajero desde Wuhan que tampoco había visitado el mercado. Esto implicaba, entonces, que la posibilidad de que hayan ocurrido casos sin detección era alta y que no era posible descartar la infección humano-humano.

La pregunta siguiente para los investigadores era: ¿es posible que la epidemia sea más grande que lo reportado? Para responderla, otro grupo de investigadores de Imperial College London reunieron la información pública y construyeron un modelo para analizar rápidamente asuntos como el tiempo de retraso entre infección y reporte y la probabilidad de que un caso sea detectado fuera de Wuhan, todo esto usando estimaciones demográficas y de tráfico aéreo diario.

El modelo es relativamente sencillo pero poderoso. Permite estimar rápidamente el número de casos que han requerido hospitalización en Wuhan. Es decir, permite saber si es posible que en los hospitales ya haya casos que inicialmente pasaron desapercibidos.

¿Qué encontraron con el modelo? La probabilidad de que una persona infectada viaje internacionalmente desde Wuhan antes de buscar cuidado médico es de 1/574. Dado que hasta la fecha (17 de enero) habían ocurrido tres casos confirmados fuera de Wuhan, eso implica que podría haber ya unos 1.700 casos (intervalo de confianza 190 – 4000+) en Wuhan. Sin embargo, a medida que se obtenga información de nuevos casos confirmados se podrá actualizar esta cifra.

¿Qué implicaciones tienen estos resultados? Implican que probablemente hay más casos que los identificados inicialmente y por lo tanto se deben enfocar los esfuerzos en identificar el virus en pacientes hospitalizados por neumonía en Wuhan y otras ciudades. Hay que intensificar la búsqueda en aeropuertos nacionales e internacionales con alta interconexión con Wuhan.

Aún hay muchos aspectos desconocidos sobre este virus que hay que seguir investigando rápidamente. Por ejemplo, su origen. También, si existe o no transmisión sostenida de humano a humano. A su vez, esta podría ser solo entre contactos cercanos (familiares, personal de salud) o en un contexto más amplio. Conocer estos aspectos es fundamental para diseñar las estrategias de mitigación. El 20 de enero el gobierno chino confirmó la presencia de transmisión humano-humano, pero hasta ahora solo en contactos cercanos. A pesar de que hay unos pocos casos fatales ya registrados, es aún prematuro saber qué tan grave va a ser la presentación clínica en la población general. Todo esto solo lo sabremos a medida que se sigan compartiendo los resultados de las investigaciones.

Conocer todo esto en tan poco tiempo ha sido posible gracias a la ciencia abierta. Es decir, la producción de conocimiento científico con publicación inmediata de datos, métodos y resultados. Esta vez, el resto de la comunidad científica global ha hecho el escrutinio, revisando rápidamente la metodología y resultados en tiempo real y, hay que decirlo, en Twitter. Es un fenómeno sin precedentes que representa la posibilidad de que juntos podamos entender y mitigar las epidemias.

Adicionalmente, la cooperación entre científicos y autoridades sanitarias ha marcado la pronta respuesta frente a esta nueva epidemia. En esta semana se espera que la Organización Mundial de la Salud emita las recomendaciones para el resto de los países.

* Médica, PhD en epidemiología de enfermedades infecciosas. Imperial College London. Este artículo nació de un hilo de mensajes publicado por la autora en Twitter (@ZulmaCucunuba). Antes de la publicación fue  actualizado con la información nueva sobre el virus. En las últimas horas se confirmó un caso en Estados Unidos. 

Como muchos, estoy fascinada y algo preocupada por lo que la ciencia abierta nos ha permitido entender en tan solo 20 días acerca de un nuevo coronavirus con potenciales implicaciones mundiales.

El 31 de diciembre de 2019 fue identificado un coronavirus nuevo (#2019nCov) como causante de infección respiratoria en 41 personas en la ciudad de Wuhan (China). Estas personas habían visitado en días previos un mercado específico. Dado esto, el mercado fue cerrado el 1.º de enero de 2020.

Durante la primera semana de enero no se presentaron nuevas infecciones, lo cual llevó a pensar inicialmente que la fuente del virus era algo (desconocido) localizado en el mercado. Y que era poco probable la transmisión humano-humano, que es la determinante de una potencial expansión a grandes poblaciones.

Entretanto, investigadores locales lograron secuenciar el virus #2019nCov en tiempo récord. Y más importante aún, el 11 de enero los investigadores y el gobierno chino liberaron las secuencias genéticas del virus al público para que cualquier persona las pudiera analizar. Esto permitió que en tan solo un día varios investigadores de otras partes del mundo ya tuvieran análisis filogenéticos (el árbol genealógico del virus) concluyentes.

Se logró establecer que #2019nCov es genéticamente similar a otros dos coronavirus ya conocidos, pero diferentes: SARS y MERS. Saber esto es importante para dimensionar potenciales implicaciones. Por ejemplo, el virus SARS afectó 26 países en 2003, provocó 8.000 casos y la mortalidad fue cercana al 10 %. En 2012, el MERS, que se transmite de animales a humanos, tenía una mortalidad del 35 %, pero el 80 % de casos se han circunscrito a Arabia Saudita.

Tener las secuencias genéticas también permitió desarrollar rápidamente las pruebas diagnósticas para detectar casos y así empezar barridos de personas sintomáticas en aeropuertos internacionales de Asia con vuelos provenientes de Wuhan.

El 12 de enero se detectó el primer caso fuera de China. Se trataba de una persona que viajó desde Wuhan a Tailandia. Aquí lo importante es que esta persona no había visitado el mercado implicado inicialmente. Esto sugiere potencialmente una fuente de transmisión humano-humano.

Simultáneamente, otro grupo de investigadores analizó rápidamente las frecuencias de tráfico aéreo internacional desde Wuhan y estimó el potencial riesgo de transmisión en Asia. El 14 de enero publicaron su artículo, bajo un esquema de revisión de pares en tan solo dos días.

El 16 de enero se reportó un caso nuevo en Japón, de un viajero desde Wuhan que tampoco había visitado el mercado. Esto implicaba, entonces, que la posibilidad de que hayan ocurrido casos sin detección era alta y que no era posible descartar la infección humano-humano.

La pregunta siguiente para los investigadores era: ¿es posible que la epidemia sea más grande que lo reportado? Para responderla, otro grupo de investigadores de Imperial College London reunieron la información pública y construyeron un modelo para analizar rápidamente asuntos como el tiempo de retraso entre infección y reporte y la probabilidad de que un caso sea detectado fuera de Wuhan, todo esto usando estimaciones demográficas y de tráfico aéreo diario.

El modelo es relativamente sencillo pero poderoso. Permite estimar rápidamente el número de casos que han requerido hospitalización en Wuhan. Es decir, permite saber si es posible que en los hospitales ya haya casos que inicialmente pasaron desapercibidos.

¿Qué encontraron con el modelo? La probabilidad de que una persona infectada viaje internacionalmente desde Wuhan antes de buscar cuidado médico es de 1/574. Dado que hasta la fecha (17 de enero) habían ocurrido tres casos confirmados fuera de Wuhan, eso implica que podría haber ya unos 1.700 casos (intervalo de confianza 190 – 4000+) en Wuhan. Sin embargo, a medida que se obtenga información de nuevos casos confirmados se podrá actualizar esta cifra.

¿Qué implicaciones tienen estos resultados? Implican que probablemente hay más casos que los identificados inicialmente y por lo tanto se deben enfocar los esfuerzos en identificar el virus en pacientes hospitalizados por neumonía en Wuhan y otras ciudades. Hay que intensificar la búsqueda en aeropuertos nacionales e internacionales con alta interconexión con Wuhan.

Aún hay muchos aspectos desconocidos sobre este virus que hay que seguir investigando rápidamente. Por ejemplo, su origen. También, si existe o no transmisión sostenida de humano a humano. A su vez, esta podría ser solo entre contactos cercanos (familiares, personal de salud) o en un contexto más amplio. Conocer estos aspectos es fundamental para diseñar las estrategias de mitigación. El 20 de enero el gobierno chino confirmó la presencia de transmisión humano-humano, pero hasta ahora solo en contactos cercanos. A pesar de que hay unos pocos casos fatales ya registrados, es aún prematuro saber qué tan grave va a ser la presentación clínica en la población general. Todo esto solo lo sabremos a medida que se sigan compartiendo los resultados de las investigaciones.

Conocer todo esto en tan poco tiempo ha sido posible gracias a la ciencia abierta. Es decir, la producción de conocimiento científico con publicación inmediata de datos, métodos y resultados. Esta vez, el resto de la comunidad científica global ha hecho el escrutinio, revisando rápidamente la metodología y resultados en tiempo real y, hay que decirlo, en Twitter. Es un fenómeno sin precedentes que representa la posibilidad de que juntos podamos entender y mitigar las epidemias.

Adicionalmente, la cooperación entre científicos y autoridades sanitarias ha marcado la pronta respuesta frente a esta nueva epidemia. En esta semana se espera que la Organización Mundial de la Salud emita las recomendaciones para el resto de los países.

* Médica, PhD en epidemiología de enfermedades infecciosas. Imperial College London. Este artículo nació de un hilo de mensajes publicado por la autora en Twitter (@ZulmaCucunuba). Antes de la publicación fue  actualizado con la información nueva sobre el virus. En las últimas horas se confirmó un caso en Estados Unidos.