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Nairo Quintana sustituyó al español Jon Izagirre, compañero suyo en el equipo Movistar, al frente de la general de la Vuelta a Romandía (Suiza), tras ganar la segunda etapa, por delante del ruso Ilnur Zakarin (Katusha).
Quintana y Zakarin, que se habían destacado en el ascenso al puerto de primera que culminaba la segunda etapa en línea, se jugaron la etapa al sprint. El colombiano tomó la iniciativa y aunque el ruso le rebasó a 30 metros y ganó la carrera. El líder del Movistar protestó por una mala maniobra del ruso y se le adjudicó la victoria después de revisar el sprint final.
Quintaba encabeza la general con diez segundos de ventaja sobre el propio Zakarin y 16 sobre Jon Izaguirre, que terminó sexto en la etapa, dentro del primer grupo perseguidor.
Zakarin invirtió un tiempo de 4h28:40 en el trayecto de 173,9 km entre Moudon y Morgins. El primer grupo, con el portugués Rui Costa al frente, cruzó la meta 26 segundos después.
Una vez echada abajo la escapada del día, el pelotón llegó unido a los 17 últimos kilómetros, camino del puerto de primera que coronaba la etapa en Morgins.
Una avería mecánica de Chris Froome, en ese punto, provocó el corte del británico, en una etapa que antes de su comienzo dejó fuera al australiano Richie Porte, líder del equipo BMC, aquejado de gastroenteritis.
A 6,5 km, en pleno ascenso, Nairo Quintana se fue por delante y poco después le alcanzó Ilnur Zakarin. Por detrás intentaron reaccionar, primero Thibaut Pinot, luego Rigoberto Urán y después Rui Costa. Ninguno pudo alcanzarlos.