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El 24 de noviembre de 1905, tras haber concretado la ordenanza que expidió La Asamblea Departamental de Magdalena dos años antes, se dio vía libre a la creación del Liceo Celedón, institución académica bautizada como tal en honor a la memoria del obispo Rafael Celedón, quien además fue poeta, escritor, antropólogo, filósofo, jurista, filólogo, historiador, lingüista, matemático, gramático, miembro de la Academia Colombiana de la Lengua y rector del Seminario San José de Santa Marta. El 5 de marzo de 1906 se hizo oficial su apertura.
Rafael Escalona, quien recibió el título “Bachiller Honoris Causa”, Luis Vega Reales, Profesor Emérito de la Universidad Pedagógica Nacional, y “El Pibe” Valderrama son algunos ex alumnos de la institución. Además, desde 1993, la edificación es Monumento Nacional, pues “su arquitectura es representativa para la ciudad y el país, además de ser testimonio vivo de su historia y de su cultura”, se lee en el informe de la facultad.
La institución ha sido sede de eventos con los que se ha tratado de recordar la historia del país. Por ejemplo, la Exposición Rostros del Libertador Simón Bolívar se pensó como homenaje a esta figura nacional, así como el Festival de Danzas Folclóricas se creó con la idea de exaltar las expresiones artísticas y culturales en los estudiantes.
A pesar del valor histórico y cultural de la institución, el Liceo experimentó problemas con sus instalaciones. Según informó El Tiempo, en el 2007, estudiantes y profesores cumplían con sus obligaciones académicas, pero con un miedo generalizado. Ellos temían que el edificio, por sus malas condiciones, se desplomara. En 2018, según se lee en El Heraldo, el gobierno local entregó una serie de obras de restauración destinadas a beneficiar a 1.270 alumnos, con la idea de fortalecer la educación en Santa Marta. Para ese entonces, y como lo dejó escrito Hoy, Diario del Magdalena, José Mario Granados, quien fue el rector de la institución en ese entonces, afirmó: ’'La idea es retomar la importancia que el Liceo Celedón tiene en los aspectos culturales y deportivos”.