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El 11 de junio de 2017, hace ya casi más de dos años, fue capturada Hilda Jeaneth Niño Farfán, la entonces fiscal delegada ante el Tribunal Superior de Bogotá, señalada de haber beneficiado judicialmente a Miguel Ángel Mejía Múnera, alias el Mellizo. Según las investigaciones de la propia Fiscalía, Niño le habría entregado información privilegiada a Orlando Villa Zapata, antiguo segundo al mando del bloque Vencedores de Arauca de las Autodefensas, el cual era dirigido por Mejía Múnera.
::Fiscalía acusó a Hilda Niño Farfán, la exfiscal que habría ayudado a exparamilitares::
El pasado 28 de junio, según reveló la revista Semana, el Tribunal Superior de Bogotá avaló un principio de oportunidad que la Fiscalía y Niño Farfán firmaron con el compromiso de que la exfuncionaria judicial aceptara el delito de cohecho y deovolviera $250 millones al Estado. Según la Fiscalía, este sería el dinero que esta recibió de Orlando Villa Zapata, mano derecha del Mellizo, a cambio de que ella frenara su expulsión de la Ley de Justicia y Paz, la cual consedía beneficios judiciales a los paramilitares que se sometieran a esta jurisdicción especial.
Asimismo, en el principio de oportunidad, el cual tendrá que cumplir en un plazo máximo de cuatro meses, tendrá que declarar en contra de una decena de personas que trabajan o trabajaron para la Fiscalía General. Entre ellos, tres funcionarios que habrían colaborado con el empresario antioqueño Juan José Marín, señalado de ser el heredero del grupo criminal de Marco Antonio Gil, alias el Papero. Según Semana, Marín tenía un grupo de oración al que Niño Farfán asistía "sagradamente".
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Por estos señalamientos de tener nexos con el mundo criminal, La Fiscalía realizó una operación de extinción de dominio a 15 propiedades de Marín, las cuales eran señaladas de ser parte de una red de blanqueo de dinero de la mafia. El empresario antioqueño, según Semana, hizo un desembolso de dinero que alertó de las autoridades. Pagó la deuda que la entonces fiscal tenía por la compra de un apartamento en Bogotá ante Juriscoop, una entidad financiera al servicio de integrantes de la rama judicial. El monto superó los 300 millones de pesos. En el pasado, Niño había dicho que esa deuda la pagó con dineros que su esposo había ganado de sus honorarios.
Niño Farfán se comprometió a revelar hechos de corrupción en la Unidad de Extinción de Dominio de la Fiscalía y que, según Semana, compromete a varios funcionarios durante la época en que Andrea Malagón estuvo a cargo de esa dirección, la cual abandonó hace aproximadamente un año. La exfiscal ante el Tribunal Superior de Bogotá también hablaría sobre cómo se omitió en el ente investigador indagar a algunos de los bloques paramilitares más poderosos del país. Según la revista, salpicará a importantes funcionarios que ya dejaron la Fiscalía, y a otros que ahora trabajarían en la Unidad de Investigaciones de la JEP.